按自然日算工资本身并不直接违法，但具体是否合法需结合工资计算方式、劳动合同约定以及是否符合相关法律法规来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律法规层面
工资计算方式的自主性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十七条，用人单位有权依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。这意味着，从法律层面讲，用人单位可以选择按自然日、工作日或其他方式计算工资，只要该方式不违反法律法规的强制性规定。
工资支付形式与周期：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。这并不意味着按自然日计算工资违法，实际上，日工资的计算可以作为月度支付的基础。只要双方约定明确且符合法律法规，按自然日计算并按月支付工资是可行的。
二、工资计算方式的合理性
月计薪天数的确定：
- 在实际操作中，为了消除不同月份因天数差异而导致的工资计算偏差，通常采用21.75天作为月计薪天数标准。这一数字是通过（365天 - 104天）÷ 12个月得出的，其中104天为全年的周末休息日。如果按自然日计算工资，但未考虑周末休息日等非工作时间，可能会导致工资计算不合理。
日工资的计算公式：
- 如果采用按自然日计算工资的方式，日工资的计算公式通常为：日工资 = 月工资收入 ÷ 当月实际自然日天数（但更合理的做法是除以21.75天，以消除周末休息日的影响）。然而，这种计算方式在员工请假或加班时可能会变得复杂，因为需要调整实际出勤天数对应的工资。
加班工资的计算：
- 根据《劳动法》规定，劳动者加班时，用人单位需支付高于正常工作时间工资的工资报酬。加班工资的计算通常以工作日和法定节假日为基础，而不是自然日。因此，如果按自然日计算工资，但在计算加班工资时未正确区分工作日和休息日，可能会导致加班工资计算错误。
三、劳动合同与实际约定
劳动合同的约定：
- 无论采用何种工资计算方式，都应在劳动合同中明确约定。这有助于避免后续因工资计算而产生的纠纷。如果劳动合同中明确约定了按自然日计算工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种计算方式就是合法的。
实际约定的灵活性：
- 在实际操作中，有些企业可能会根据自身情况制定特殊的工资计算规定或与员工有特别约定。例如，对于短期临时工或兼职工作，雇主和劳动者可能明确约定按照自然日来计算报酬。只要这种约定是双方自愿达成的，且不低于当地最低工资标准，就是合法的。
四、建议与注意事项
明确约定工资计算方式：
- 为了避免后续纠纷，建议用人单位和劳动者在劳动合同中明确约定工资计算方式、加班工资标准等关键条款。
确保工资计算合规性：
- 无论采用何种工资计算方式，都应确保符合相关法律法规的规定。例如，应确保日工资的计算不低于当地最低工资标准，加班工资的计算符合法定标准等。
及时沟通与解决争议：
- 如果在工资计算方面存在疑问或争议，应及时与用人单位沟通解决。如果无法达成一致，可以寻求法律援助或向劳动行政部门投诉。
示例说明：
假设某员工月工资为5000元，当月自然日天数为30天，但其中有4个周末休息日（8天）。如果按自然日计算工资且未考虑周末休息日的影响，则日工资为5000 ÷ 30 ≈ 166.67元。然而，更合理的做法是除以21.75天来计算日工资（即5000 ÷ 21.75 ≈ 229.89元）。如果该员工当月请假2天（非周末），则按自然日计算工资的方式下，当月工资为5000 - 166.67 × 2 = 4666.66元；而按更合理的日工资计算方式下，当月工资为5000 - 229.89 × 2 = 4540.22元。显然，后者更符合法律法规的规定和工资计算的合理性。
综上所述，按自然日算工资本身并不直接违法，但具体是否合法需结合工资计算方式、劳动合同约定以及是否符合相关法律法规来综合判断。如果你在这方面有进一步的疑问或需要具体的法律建议，请随时向我咨询。