结论：工资算法按照自然日计算并不必然违法，但需结合具体法律规定和劳动合同约定来判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律规定角度
《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：
- 这两部法律并未明确规定工资必须按照工作日还是自然日计算，但强调了工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 工资的计算方式通常会在劳动合同中约定，或者由用人单位的规章制度规定。只要这些约定或规定不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。
关于加班工资的计算：
- 如果劳动者在休息日（如周末）或法定节假日加班，用人单位需要按照法律规定支付加班工资。加班工资的计算通常基于工作日的小时工资标准，并乘以相应的加班倍数（如休息日加班为2倍，法定节假日加班为3倍）。
- 在这种情况下，如果工资原本就是按照自然日计算，且已经包含了加班工资的成分（即已经按照加班倍数支付了相应工资），那么这种计算方式并不违法。但如果未按照加班倍数支付工资，则可能构成违法。
二、劳动合同约定角度
劳动合同中的工资计算条款：
- 如果劳动合同中明确约定了工资按照自然日计算，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种计算方式就是合法的。
- 例如，劳动合同可能规定：“劳动者的月工资为XX元，按照自然日计算，每日工资为XX元。”只要这种约定是双方真实意思的表示，且没有损害劳动者的合法权益，就是有效的。
用人单位的规章制度：
- 除了劳动合同外，用人单位的规章制度也可能对工资的计算方式作出规定。如果规章制度中明确规定了工资按照自然日计算，且该规章制度已经经过民主程序制定并公示给劳动者，那么这种计算方式也是合法的。
三、实际操作与建议
核查劳动合同和规章制度：
- 劳动者应首先核查自己的劳动合同和用人单位的规章制度，了解工资的具体计算方式。
- 如果发现工资计算方式存在疑问或不合理之处，可以与用人单位进行沟通协商，要求明确解释或调整。
计算示例：
- 假设劳动者的月工资为6000元，按照自然日计算，每日工资为200元（6000元/30天）。
- 如果劳动者在某个月工作了22天（其中包含2个休息日加班），那么该月的应发工资应为：200元/天 × 22天 + 休息日加班工资（假设为2倍，即200元/天 × 2天 × 2 = 800元）= 5200元（基础工资）+ 800元（加班工资）= 6000元（实际应发，若已包含加班工资成分则直接按22天计算基础部分，加班部分另计）。但需注意，此处的计算仅为示例，实际计算需根据具体加班情况和工资约定进行。
- 关键点：若劳动合同或规章制度中已明确自然日计算且包含加班工资处理方式，则按约定执行；若未明确或存在争议，则需根据法律规定和实际情况进行协商或诉讼。
寻求法律帮助：
- 如果劳动者与用人单位在工资计算方式上存在争议，且无法通过沟通协商解决，可以寻求法律帮助。
- 可以向当地的劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
总结：工资算法按照自然日计算并不必然违法，但需结合具体法律规定和劳动合同约定来判断。劳动者应核查自己的劳动合同和用人单位的规章制度，了解工资的具体计算方式，并在存在争议时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。