结论：公司只发放已开工时工资，而不支付病休期间工资的做法，通常是不合法的。

分析：

1. 法律依据：

   • 根据《工伤保险条例》以及相关的劳动法律法规，员工在上下班途中，如果受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。一旦被认定为工伤，员工有权享受工伤保险待遇，这包括医疗费用报销、停工留薪期间的工资福利等。
   • 停工留薪期是指员工因工伤需要暂停工作接受治疗的期间。在这个期间内，员工原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。

2. 公司做法的不合法性：

   • 如果您在上班途中发生的事故被认定为工伤，那么公司应当支付您停工留薪期间的工资，而不仅仅是已开工时的工资。
   • 公司未支付病休期间工资的行为，违反了工伤保险条例中关于停工留薪期间工资支付的规定，因此是不合法的。

3. 应对建议：

   • 与公司协商：首先，您可以尝试与公司进行协商，明确告知公司您的工伤情况以及应享受的工伤保险待遇，要求公司支付停工留薪期间的工资。
   • 申请工伤认定：如果公司拒绝支付，您可以向当地的社会保险行政部门申请工伤认定。一旦认定为工伤，您就可以依法享受工伤保险待遇。
   • 劳动仲裁或诉讼：如果公司仍然拒绝支付，并且您与公司之间的协商无果，您可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

额外提醒：

• 在处理此类问题时，建议您保留好相关的证据材料，如医疗证明、工伤认定决定书、工资单等，以便在需要时提供证明。
• 工伤保险待遇的具体标准和支付方式可能因地区而异，因此您在处理问题时最好咨询当地的劳动保障部门或专业律师，以获取更准确的信息和指导。

如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。