结论：在工伤认定期间，单位仅支付病假工资是否合法，需根据具体情况判断。若最终被认定为工伤，单位在工伤认定期间仅支付病假工资可能不合法；若未被认定为工伤，则单位按病假工资支付可能合法。
详细分析：
若最终被认定为工伤：
- 法律依据：根据《工伤保险条例》的相关规定，职工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。一旦被认定为工伤，职工应享受工伤保险待遇，这包括医疗费用报销、停工留薪期工资（即原工资福利待遇不变）等。
- 单位支付义务：在工伤认定期间，如果单位仅支付病假工资，而病假工资通常低于职工的原工资福利待遇，那么这种做法可能违反了《工伤保险条例》中关于停工留薪期工资的规定。职工有权要求单位按照原工资福利待遇支付停工留薪期工资。
若未被认定为工伤：
- 法律依据：如果工伤认定申请未被受理或者最终未被认定为工伤，那么职工的情况就不适用《工伤保险条例》的相关规定。
- 单位支付义务：在这种情况下，单位可能按照内部的病假管理制度来支付病假工资。只要病假工资的支付符合相关法律法规（如不低于当地最低工资标准的80%）以及单位内部的合法规章制度，那么单位的做法就是合法的。
建议与行动：
- 申请工伤认定：首先，您应尽快向当地的社会保险行政部门提出工伤认定申请，这是享受工伤保险待遇的前提。
- 保留证据：在申请工伤认定的过程中，您应保留好与交通事故相关的所有证据，如交通事故认定书、医疗证明等，以便证明您的情况符合工伤认定的条件。
- 与单位沟通：在工伤认定期间，您可以与单位沟通，了解单位支付病假工资的具体依据和计算方式，并表达您的诉求和期望。
- 寻求法律援助：如果单位拒绝按照原工资福利待遇支付停工留薪期工资，或者您对单位的做法有异议，您可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
后续法律后果：
- 如果最终被认定为工伤，而单位未按照规定支付停工留薪期工资，您有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求单位补发工资并可能获得相应的赔偿。
- 如果未被认定为工伤，而您对单位的病假工资支付有异议，您同样可以通过劳动争议仲裁等途径来维护自己的合法权益。但需要注意的是，在这种情况下，您的诉求将主要基于单位内部的规章制度以及相关法律法规中关于病假工资的规定。