公司用周末加班时间来抵扣请假时间是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、周末的法律地位与调休原则
周末是劳动者的法定休息日，根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。在计算工资时，周末的工资是劳动者应得的合法权益，不应因请假而被直接扣除。公司在对工作时间和休假进行统筹安排时，需遵守劳动法规，确保调休安排合理且合法。
二、正常工作日请假与周末调休抵扣
合法性分析：
- 如果员工请的是普通事假等正常工作日的假期，公司安排在后续周末进行调休抵扣，同时确保员工每周至少休息一天，并支付正常工作时间的工资，这种做法通常是合法的。这属于公司对工作时间和休假的合理统筹安排。
- 但如果公司过度利用调休来抵扣员工请假，导致员工实际休息时间不足或工资受损，则可能构成违法。例如，公司频繁要求员工用周末调休来抵扣请假，使得员工长期无法享受完整的周末休息，这就可能违反了劳动法关于休息休假权利的规定。
操作建议：
- 公司在实施调休抵扣时，应明确告知员工调休的具体安排，并确保调休后员工的休息时间符合法律规定。比如，公司可以制定详细的调休制度，明确调休的申请流程、审批程序以及调休后的休息时间保障等。
- 员工在接受调休安排时，也应了解自己的权益，避免被不合理地剥夺休息时间。如果员工认为公司的调休安排不合理，可以与公司进行沟通协商，要求调整调休安排。
三、周末加班与请假抵扣的特殊情况
平时加班与周末加班：
- 平时加点（即工作日延长工作时间）不能用调休替代加班费，必须支付不低于工资150%的加班工资。这是因为平时加班是对劳动者正常工作时间的额外延长，法律明确规定了相应的加班工资支付标准，以保障劳动者的合法权益。
- 周末加班可以安排调休，但如果公司将员工原本应得的周末加班调休用来抵扣请假，则损害了员工的权益，属于不合法行为。例如，员工在周末加班后，公司应安排相应的调休时间让员工休息，但如果公司却将这部分调休时间用来抵扣员工的请假，就相当于剥夺了员工应得的休息权利。
法定节假日加班：
- 法定节假日加班不能用调休抵扣，必须支付不低于工资300%的加班工资。法定节假日是劳动者依法享受的特殊休息时间，如果用人单位安排劳动者在法定节假日加班，就必须按照法律规定支付高额的加班工资，而不能通过调休来替代。若公司将法定节假日加班的调休用于抵扣员工请假，则严重违反了劳动法律法规。
四、劳动者的权益保护与救济途径
权益保护：
- 劳动者有权要求公司按照法律规定支付工资和安排休息时间。如果公司违反了相关法律规定，劳动者可以积极维护自己的合法权益。
- 例如，劳动者可以保留好相关的考勤记录、加班记录以及请假记录等证据，以便在需要时证明自己的权益受到了侵害。
救济途径：
- 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉，请求查处公司的违法行为。劳动监察部门有权对用人单位的劳动用工行为进行监督检查，对违反劳动法律法规的行为进行查处。
- 劳动者还可以申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁或提起诉讼时，劳动者需要提供充分的证据来支持自己的主张。
总结来说，公司在处理员工请假与周末调休抵扣问题时，应严格遵守劳动法规，确保员工的休息时间和工资待遇不受损害。如果公司存在违法行为，劳动者应积极维护自己的合法权益。如果你在劳动工伤方面还有其他问题，可以直接向我咨询。