行政复议申请人申请撤回行政复议申请后，原行政案件的处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 行政复议机构准予撤回申请的情形
   根据《行政复议法》第二十五条，若申请人撤回申请经行政复议机构审查后准予的，行政复议程序终止。此时原行政行为（如行政处罚、行政许可等）的效力不受影响，原行政案件的法律状态恢复至复议申请前的状态。例如：若原行政行为为行政处罚，且申请人未在法定期限内提起行政诉讼，则该处罚决定继续有效。

2. 行政复议机构不准予撤回申请的情形
   若行政复议机构认为撤回申请可能损害公共利益或他人合法权益，或存在其他法定理由（如申请人受胁迫撤回申请），则可不准予撤回。此时行政复议程序继续进行，复议机关将对原行政行为的合法性、适当性进行全面审查，并作出维持、撤销、变更或确认违法等复议决定。

3. 撤回申请后对后续诉讼权利的影响

   • 行政诉讼途径：若申请人撤回复议申请后，仍对原行政行为不服，可在法定期限内（通常为知道或应当知道行政行为之日起6个月内）直接向人民法院提起行政诉讼。但需注意，若复议机关已作出实质性审查（如不准予撤回并继续复议程序），则诉讼对象可能变为复议决定。
     
   • 再复议限制：撤回申请后，原则上不得以同一事实和理由再次申请行政复议，但有证据证明撤回申请非自愿或存在重大误解的除外。

4. 特殊情形处理

   • 复议前置案件：若法律、法规规定复议为诉讼前置程序（如纳税争议），申请人撤回复议申请后未再申请复议的，将丧失后续行政诉讼权利。
     
   • 第三人权益保护：若原行政行为涉及第三人权益，且第三人未放弃复议权利，行政复议机构可能依职权继续审查原行政行为，以保障第三人合法权益。

实务建议：

• 申请人撤回复议申请前，应充分评估原行政行为的合法性及自身权益，避免因撤回导致救济途径丧失。
  
• 行政机关在收到撤回申请后，需配合复议机构审查，并提供相关证据材料，确保程序合法性。
  
• 若涉及复杂利益平衡（如公共利益与个人权益冲突），建议提前咨询专业律师，制定最优策略。

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