关于“医院医生绩效科主任算合法吗”这一问题，我们需要从多个角度来理解和分析。

首先，从法律层面来看，医院对医生进行绩效考核，并由科主任参与或负责这一过程，本身并不违法。绩效考核是医院管理的一种常见手段，旨在通过评估医生的工作表现、业务能力、服务质量等方面，来激励医生提升工作效率和服务质量，同时确保医院资源的合理分配和有效利用。科主任作为科室的负责人，参与或负责本科室的绩效考核工作，是其职责范围内的一部分。

其次，从医院管理实践来看，科主任在绩效考核中扮演着重要角色。他们不仅需要对本科室医生的工作表现进行客观评价，还需要根据医院的绩效考核制度和标准，结合本科室的实际情况，制定具体的考核方案和实施细则。科主任的参与，有助于确保绩效考核的公正性、合理性和有效性。

然而，关键在于绩效考核的制度和实施过程是否合法、合规、合理。医院应建立科学、公正、透明的绩效考核制度，明确考核标准、考核程序、考核结果应用等方面的内容，并确保这些制度得到严格执行。同时，科主任在参与绩效考核时，应严格遵守医院的规章制度和职业道德规范，确保考核结果的客观性和公正性。

此外，还需要关注绩效考核的激励作用。合理的绩效考核制度应能够激发医生的工作积极性和创造力，提升他们的职业素养和服务水平。如果绩效考核制度存在不合理之处，或者科主任在实施过程中存在偏见或不公，就可能引发医生的不满和抵触情绪，甚至影响医院的正常运营和医疗服务质量。

综上所述，医院医生绩效科主任参与或负责绩效考核工作本身并不违法，但关键在于绩效考核的制度和实施过程是否合法、合规、合理。医院应建立科学、公正、透明的绩效考核制度，并确保科主任等管理人员在实施过程中严格遵守相关规定和职业道德规范。