核心结论：在签合同和发放工资不是同一个公司的情况下，认定工伤一般应以与劳动者签订劳动合同的公司为申请主体，但若实际用工关系与合同签订公司不一致，需根据实际情况确定责任主体，可能涉及关联公司共同承担责任。以下从不同角度详细分析：

1. 从劳动合同角度分析

   • 根据《工伤保险条例》及相关规定，通常情况下，劳动者与用人单位签订劳动合同，该用人单位即为劳动法律关系中的责任主体。当发生工伤事故时，应由签订劳动合同的公司为劳动者申请工伤认定。这是因为劳动合同是明确双方权利义务关系的重要依据，签订合同的公司有义务为劳动者缴纳工伤保险等费用，在发生工伤时也应承担相应的责任。
   • 例如，小张与A公司签订了劳动合同，但工资由B公司发放。如果小张在工作中发生工伤，从合同关系角度，应由A公司为其申请工伤认定。

2. 从实际用工关系角度分析

   • 在实际中，可能存在签订合同的公司与实际用工的公司不一致的情况。如果能够证明实际用工关系与另一家公司更为紧密，且该公司在实际中承担了用人单位的部分或全部义务，那么在工伤认定时，可能需要考虑实际用工公司的责任。
   • 比如，小李与C公司签订了劳动合同，但被安排到D公司工作，工资由D公司发放，且工作安排、管理等都由D公司负责。若小李在D公司工作时发生工伤，此时虽然合同是与C公司签订，但实际用工关系更倾向于D公司。在这种情况下，可能需要综合判断，甚至可能认定C公司和D公司为共同责任主体，共同为小李申请工伤认定或承担赔偿责任。

3. 从关联公司角度分析

   • 如果签合同的公司和发放工资的公司是关联公司，如母公司与子公司、总公司与分公司等关系，在工伤认定和赔偿问题上，可能需要考虑关联公司之间的责任划分和承担方式。
   • 例如，E公司是F公司的母公司，小王与E公司签订劳动合同，但被安排到F公司工作，工资由F公司发放。若小王在F公司工作时发生工伤，由于E公司和F公司存在关联关系，在处理工伤问题时，可能需要E公司和F公司共同协商，根据实际情况确定由哪家公司申请工伤认定或共同承担赔偿责任。

法律建议：

• 对于劳动者来说，在遇到这种情况时，首先要收集好与工作相关的证据，如劳动合同、工资发放记录、工作证、考勤记录等，以证明自己的劳动关系和实际工作情况。
• 如果发生工伤事故，应及时向签订劳动合同的公司报告，并要求其为自己申请工伤认定。如果签订合同的公司拒绝或拖延申请，劳动者可以自行向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。
• 在处理工伤认定和赔偿问题时，如果涉及多个公司，劳动者可以咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果签订合同的公司不依法为劳动者申请工伤认定，可能会面临行政处罚，同时劳动者也有权要求其承担相应的赔偿责任。
• 如果实际用工公司或关联公司拒绝承担责任，劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼等法律手段解决纠纷，要求相关公司承担工伤赔偿责任。