结论：员工频繁用自己的付款码帮顾客在店铺付款，然后收顾客的钱，这一行为是否违法，需结合具体情况来判断，但通常这种行为可能涉及违法或违规，具体分析如下：
可能构成职务侵占或挪用资金：
- 如果员工利用职务之便，将本应由店铺收取的款项通过个人付款码收取，并私自截留或挪用，这可能构成职务侵占或挪用资金的行为。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为；挪用资金罪则是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
可能违反公司规章制度：
- 即便该行为不构成犯罪，也可能严重违反公司的财务管理制度和规章制度。公司通常会规定员工不得私自收取客户款项，以确保财务的透明度和合规性。员工违反这些规定，可能会面临公司的纪律处分，如警告、罚款、解雇等。
可能涉及税务问题：
- 如果员工通过个人付款码收取款项，并未向公司申报或缴纳相关税费，这可能涉及偷税漏税的问题。根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。
可能损害公司声誉和客户关系：
- 员工这种行为还可能损害公司的声誉和客户关系。客户可能认为公司管理不善，存在不诚信行为，从而影响公司的业务发展和市场形象。
建议：
- 对于员工而言，应严格遵守公司的规章制度和法律法规，不得私自收取客户款项或进行其他违规行为。
- 对于公司而言，应加强财务管理和内部控制，明确规定员工不得私自收取客户款项，并加强对员工行为的监督和检查。同时，公司也应建立健全的税务申报和缴纳制度，确保合规经营。
后续行动：
- 如果您或您的公司遇到了类似问题，建议立即停止相关行为，并对此进行内部调查。
- 根据调查结果，采取相应的纠正措施，如追回款项、加强员工培训、完善公司制度等。
- 如有必要，可咨询专业律师或税务顾问，以确保合规经营并降低法律风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。