针对您提出的“老板用员工自己的二维码收款是否违法以及如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律风险分析
对公司而言：
- 税务风险：公司若通过员工二维码收款而未将收入计入公司账户，将违反税收相关法律法规，可能被视为偷税、漏税行为。税务机关有权对此进行处罚，包括追缴税款、滞纳金，并处以罚款，情节严重者还可能构成犯罪。
- 财务风险：此种收款方式会导致公司财务账目混乱，难以准确反映公司真实经营状况，影响成本核算、利润分析等财务管理工作。在融资、审计等关键环节，可能因账目不清而遭遇困难。
- 法律合规风险：公司应拥有独立的法人财产权，与公司股东、员工的个人财产严格区分。通过员工二维码收款可能模糊这一界限，导致公司人格混同，一旦涉及法律纠纷，股东可能需要承担连带责任。
- 信誉与声誉风险：不规范的收款方式会降低公司信誉和声誉，损害客户信任，影响业务发展和市场拓展。
对员工而言：
- 个人税务风险：员工个人账户频繁接收公司货款，可能被税务机关误认为是个人收入，从而面临个人所得税的申报和缴纳问题。若未及时处理，员工需承担补税、滞纳金及罚款等责任。
- 法律风险：员工可能因公司的不规范操作而被卷入法律纠纷中，如公司债务问题导致的个人账户被冻结或执行。此外，员工私自挪用货款还可能构成职务侵占罪等刑事犯罪。
二、处理建议
立即停止使用员工二维码收款：公司应立即停止这种不规范的收款方式，所有货款应通过公司正规银行账户进行收取和处理。
加强财务管理：建立健全规范的财务管理制度，确保每一笔交易都有明确的记录和凭证。这有助于公司准确反映经营状况，进行成本核算和利润分析。
定期审计与对账：加强对账和审计工作，及时发现并纠正可能存在的问题。这可以确保财务数据的准确性和透明度，避免潜在的法律和财务风险。
法律培训与合规意识提升：对公司员工进行法律知识培训，提高法律意识，防范法律风险。员工应了解并遵守相关法律法规，避免因个人行为给公司带来不必要的麻烦。
综上所述，老板用员工自己的二维码收款是存在严重法律和财务风险的。为了公司的长远发展和员工的个人利益，建议立即纠正这种不规范的收款方式，并采取有效措施加强财务管理和法律合规意识。