公司不接受在职仲裁这一行为本身并不直接决定其合法性，关键在于仲裁请求的内容和性质是否符合法律规定。以下从不同角度为你详细分析：

1. 仲裁请求的合法性：

   • 如果员工提出的仲裁请求是基于合法的劳动关系权益受损，如工资拖欠、未签劳动合同的双倍工资、违法解除劳动合同的赔偿金等，那么这些请求是受到法律保护的。公司不接受仲裁，并不影响仲裁请求的合法性，员工仍有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 反之，如果员工的仲裁请求缺乏法律依据，或者超出了法律规定的范围，那么即使公司不接受仲裁，仲裁委员会也可能不会支持员工的请求。

2. 公司不接受仲裁的法律后果：

   • 公司不接受仲裁并不意味着仲裁程序无法进行。根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议仲裁委员会在收到仲裁申请后，会依法进行审查，并决定是否受理。如果受理，会安排开庭审理，并作出裁决。
   • 如果公司不履行仲裁裁决，员工还可以向人民法院申请强制执行。因此，公司不接受仲裁并不能逃避法律责任。

3. 在职期间申请仲裁的特殊性：

   • 在职期间申请仲裁，员工可能面临一些特殊情况，如公司可能以各种理由阻挠仲裁程序的进行，或者对员工进行报复性解雇等。但这些行为都是违法的，员工可以依法维护自己的权益。
   • 同时，员工在职期间申请仲裁，也需要考虑与公司的劳动关系是否继续维持，以及仲裁结果可能对工作产生的影响等因素。

4. 建议与措施：

   • 在申请仲裁前，员工应尽可能收集相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录等，以证明自己的权益受损。
   • 如果公司不接受仲裁，员工可以向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照仲裁委员会的要求参与仲裁程序。
   • 在仲裁过程中，员工应积极配合仲裁委员会的工作，如实陈述事实，提供证据，并遵守仲裁程序的规定。
   • 如果对仲裁结果不满意，员工还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。

总结来说，公司不接受在职仲裁并不直接决定其合法性，关键在于仲裁请求的内容和性质是否符合法律规定。员工应依法维护自己的权益，通过合法途径解决劳动争议。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。