针对在建厂房一半占用农用地、一半是建设用地的情况，需分情况处理，核心在于确保土地使用合法合规，避免行政处罚及法律风险，具体分析如下：

1. 农用地部分需依法办理转用审批手续
   根据《土地管理法》第四十四条，建设占用土地涉及农用地转为建设用地的，需办理农用地转用审批手续。若厂房建设未取得农用地转用批准，则属于违法用地行为，可能面临责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物、罚款等行政处罚（《土地管理法》第七十七条）。
   建议：立即核查农用地部分是否已取得省级政府或国务院的转用批准文件。若未取得，需尽快补办手续；若无法补办，需调整规划或拆除违法部分。

2. 建设用地部分需核实权属及规划合规性
   若厂房所在的建设用地已依法取得国有土地使用权证或集体建设用地使用权证，且符合土地利用总体规划和城乡规划，则该部分用地合法。但需注意：

   • 权属清晰：确认土地使用权人是否为建设方，避免权属纠纷；
     
   • 规划合规：检查是否符合控制性详细规划，是否需办理建设工程规划许可证；
     
   • 用途匹配：确保土地用途与规划许可一致（如工业用地不得用于商业开发）。
     建议：核查土地权属证书、规划许可文件，确保建设用地部分完全合规。

3. 整体项目需符合“混合用地”政策（如适用）
   若当地政策允许“混合用地”（即同一地块内兼容多种用途），需满足以下条件：

   • 地方政府已出台混合用地相关政策或规划；
     
   • 项目符合混合用地比例、功能等要求；
     
   • 依法办理用地手续（如签订补充合同、变更规划条件）。
     建议：咨询当地自然资源部门，确认是否适用混合用地政策，并完善手续。

4. 法律风险防范与补救措施

   • 行政责任：若存在违法用地，可能面临行政处罚，需积极配合整改；
     
   • 民事责任：若因土地问题导致合同无效（如与施工方、供应商的合同），可能需赔偿损失；
     
   • 刑事责任：若涉及非法占用农用地罪（如占用基本农田5亩以上或一般农田10亩以上），可能承担刑事责任（《刑法》第三百四十二条）。
     建议：立即停止违法建设，委托律师评估风险，制定整改方案（如补办手续、调整规划、拆除违法部分）。

总结：需优先核查农用地转用审批情况，确保建设用地部分合规，并评估是否适用混合用地政策。若存在违法，需尽快整改以避免法律后果。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程及风险防范方案。