针对您提出的“规划建设用地但实际上农用地怎么处理”的问题，这是一个涉及土地规划和利用的重要议题。在处理此类情况时，我们必须严格依据相关法律法规，并结合具体情况采取恰当的处理措施。以下是我为您提供的详细解答：
一、核心处理原则
首先，要明确的是，无论土地规划如何，农用地的保护都是至关重要的。如果规划的建设用地实际上涉及农用地，那么必须确保这一转变是合法、合规的，并且符合土地利用总体规划和相关建设规划。
二、具体处理方式
评估与调整规划：
- 如果发现规划的建设用地与实际农用地存在冲突，首先需要对规划进行评估，看是否需要调整以符合实际情况和土地利用需求。
- 调整规划需要遵循严格的程序，包括公众参与、专家评审、政府审批等环节，以确保规划的科学性和合理性。
补办用地手续：
- 如果规划调整后，确实需要将部分农用地转为建设用地，那么需要按照相关法律法规，补办用地审批手续。
- 这可能涉及补缴土地出让金、耕地开垦费等费用，并履行一系列规定程序，以确保用地行为的合法性。
责令改正与恢复：
- 如果发现未经批准擅自将农用地转为建设用地，相关部门会责令违法用地者限期拆除违规建筑物，恢复土地原状。
- 这是为了保护农用地的数量和质量，防止非法占用和破坏。
罚款与没收违法所得：
- 对于违法用地行为，根据情节轻重，可能会并处罚款。罚款的数额会根据违法用地的面积、用途等因素进行裁量。
- 如果违法用地者通过违法用地行为获得了经济利益，如出租土地获取租金，那么相关部门还有权没收其违法所得。
追究刑事责任：
- 在极端情况下，如果违法用地行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，那么将依法追究刑事责任。
- 这可能涉及判刑、处罚金等严重的法律后果，以彰显法律的严肃性和威慑力。
三、实际操作建议
咨询专业机构：
- 在处理此类复杂问题时，建议咨询当地自然资源主管部门或专业律师，以获取准确的法律意见和指导。
- 他们可以根据具体情况，为您提供量身定制的解决方案，确保处理方式的合法性和有效性。
加强宣传教育：
- 提高公众的土地规划和利用意识也是至关重要的。通过宣传教育，可以让更多人了解土地法规的重要性，减少违法用地行为的发生。
完善监管机制：
- 政府应加强对土地利用的监管力度，建立健全的监管机制，及时发现和纠正违法用地行为，确保土地资源的合理利用和保护。
综上所述，处理规划建设用地但实际上农用地的问题需要综合考虑多种因素，并遵循严格的法律法规。通过评估与调整规划、补办用地手续、责令改正与恢复、罚款与没收违法所得以及追究刑事责任等措施，我们可以确保土地资源的合理利用和保护，维护土地规划和利用的秩序。