结论：合同中约定双方的争执提请双方公司所在地的有关部门仲裁，该条款的效力取决于“有关部门”是否明确具体且符合仲裁法规定的仲裁机构要求。若“有关部门”指向明确且符合法定仲裁机构要求，则仲裁条款有效；反之，则可能因约定不明确而被认定为无效。

详细分析：

1. 仲裁条款的有效性要求：

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》第十六条的规定，仲裁协议应当具有下列内容：（一）请求仲裁的意思表示；（二）仲裁事项；（三）选定的仲裁委员会。这意味着，仲裁条款必须明确指定一个具体的仲裁机构，以便在争议发生时能够确定由哪个机构来主持仲裁。

2. “有关部门”的明确性：

   • 在您提到的合同条款中，“提请双方公司所在地的有关部门仲裁”这一表述中的“有关部门”并不明确。它可能指的是当地的仲裁委员会，也可能指的是其他机构，如法院、调解委员会等。由于这种模糊性，该条款可能无法满足仲裁法对仲裁协议明确性的要求。

3. 仲裁机构的选择：

   • 如果双方希望仲裁条款有效，应当明确指定一个具体的仲裁机构，例如“提请双方公司所在地的XX仲裁委员会仲裁”。这样，在争议发生时，双方就可以直接向该仲裁委员会申请仲裁，而无需再就仲裁机构的选择产生争议。

4. 仲裁条款无效的后果：

   • 如果仲裁条款被认定为无效，那么双方在争议发生时可能无法直接通过仲裁来解决争议。此时，双方可能需要通过诉讼等其他方式来解决争议，这可能会增加解决争议的成本和时间。

建议：

• 明确仲裁机构：为了避免仲裁条款无效的风险，建议您在合同中明确指定一个具体的仲裁机构，并确保该机构符合仲裁法的规定。
• 咨询专业律师：在起草或审查合同条款时，建议您咨询专业律师的意见，以确保合同条款的合法性和有效性。如果您有任何关于合同纠纷或司法行政方面的问题，也可以直接向我咨询。

示例：

• 有效的仲裁条款示例：“双方因本合同产生的任何争议，应提交至双方公司所在地的XX仲裁委员会进行仲裁。”
• 无效的仲裁条款示例（类似您提到的条款）：“双方因本合同产生的任何争议，应提请双方公司所在地的有关部门仲裁。”（由于“有关部门”不明确，该条款可能无效）