结论：自然人公司担保合同中双方约定只需双方盖章即生效，该担保合同在符合法定生效要件的情况下是合法有效的。但具体效力还需结合合同内容、签订过程及法律规定综合判断。

分析说明：

1. 合同生效的一般要件：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效一般需要满足以下条件：行为人具有相应的民事行为能力；意思表示真实；不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。在担保合同中，这些要件同样适用。

2. 盖章作为合同生效的条件：

   • 双方约定只需双方盖章即生效，这属于当事人对合同生效条件的约定。只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方均具备相应的民事行为能力，意思表示真实，那么该约定就是有效的。
   • 盖章作为合同生效的一种方式，在商业实践中被广泛接受。它代表了双方对合同内容的认可和接受，是合同成立并生效的重要标志。

3. 担保合同的特殊性：

   • 担保合同作为主合同的从合同，其生效和效力往往受到主合同的影响。但就担保合同本身而言，只要其符合合同生效的一般要件，且不违反担保法的相关规定（如担保人的资格、担保方式等），就可以独立生效。
   • 在自然人公司作为担保人的情况下，需要特别注意担保人的资格问题。根据法律规定，某些主体（如学校、幼儿园、医疗机构等为公益目的成立的非营利法人）不得作为保证人。如果自然人公司具备担保资格，且担保合同内容合法，那么该担保合同就是有效的。

4. 可能影响合同效力的其他因素：

   • 除了上述要件外，合同效力还可能受到其他因素的影响，如合同是否涉及欺诈、胁迫等情形，以及是否存在恶意串通损害国家、集体或第三人利益的情况。
   • 如果担保合同在签订过程中存在这些情形，那么即使双方已经盖章，该合同也可能被认定为无效或可撤销。

法律建议：

• 在签订担保合同时，务必确保双方具备相应的民事行为能力，且意思表示真实。
• 仔细审查担保人的资格和担保方式，确保担保合同内容合法合规。
• 如果对担保合同的效力存在疑问，建议咨询专业律师进行法律风险评估和合规审查。

后续行动指引：

• 如果您已经签订了这样的担保合同，且担心其效力问题，可以向我提供具体的合同内容、签订过程及相关背景信息，以便我进行更详细的法律分析和建议。
• 如果您正在准备签订担保合同，建议在签订前咨询专业律师，确保合同内容合法合规，有效维护您的合法权益。