结论：让员工上半天班开半天工资这一做法是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情况
双方协商一致：
- 如果用人单位与员工就工作时间和工资支付方式进行了充分协商，并达成了书面或口头的一致意见，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。例如，员工因个人原因希望减少工作时间，用人单位同意并相应调整工资，双方签订了变更劳动合同的协议。
符合特殊工时制度：
- 在某些特殊行业或岗位，如实行不定时工作制或综合计算工时工作制的，用人单位可能根据工作需要安排员工上半天班，并按照实际工作时间支付工资。但这种情况下，用人单位需要事先获得劳动行政部门的批准，并确保员工的平均工作时间和工资支付符合法律法规的规定。
二、不合法情况
未协商一致或违反法律法规：
- 如果用人单位未经员工同意，单方面决定让员工上半天班开半天工资，且该做法违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、工作时间限制等），那么这种做法是不合法的。员工有权要求用人单位按照原劳动合同或法律法规的规定支付工资，并可能因此向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
恶意降低工资：
- 如果用人单位以让员工上半天班为借口，恶意降低员工的工资水平，且该降低后的工资低于当地最低工资标准或劳动合同约定的工资水平，那么这种做法也是不合法的。员工有权要求用人单位补足工资差额，并可能因此获得相应的经济补偿。
三、法律建议
对于用人单位：
- 在调整员工工作时间和工资支付方式时，应事先与员工进行充分协商，并达成一致意见。
- 确保调整后的工作时间和工资支付方式符合法律法规的强制性规定，避免因此产生劳动纠纷。
- 如需实行特殊工时制度，应事先获得劳动行政部门的批准，并严格按照批准的内容执行。
对于员工：
- 如遇到用人单位未经协商一致单方面调整工作时间和工资支付方式的情况，应及时与用人单位沟通协商，要求恢复原状或达成新的协议。
- 如协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
举例说明：假设某员工原劳动合同约定的工作时间为每天8小时，工资为每月5000元。后因公司业务调整，用人单位希望该员工每天只工作4小时，并支付2500元工资。如果员工同意这一调整，并签订了变更劳动合同的协议，那么这种做法是合法的。但如果员工不同意，而用人单位仍坚持执行，且未按照原劳动合同或法律法规的规定支付工资，那么员工就有权要求用人单位补足工资差额或提起劳动仲裁。
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