在行政处罚案件中，针对施工方及其负责人、直接责任人的处罚，通常不会分别办理案件，而是会在同一案件中对相关责任主体一并调查处理，但会分别确定责任并作出处罚决定。具体分析如下：

1. 行政处罚的对象与责任划分
   行政处罚的直接对象是违法行为的实施主体（如施工方），但根据《行政处罚法》及相关行业法规（如《建筑法》《安全生产法》），若违法行为涉及具体责任人员（如负责人、直接责任人），行政机关可依法对其实施“双罚制”——既处罚单位，也处罚个人。此时，案件调查会围绕单位及个人的违法行为展开，但最终会分别对单位和个人作出处罚决定。

2. 案件办理的流程

   • 统一立案：行政机关通常以施工方为被处罚人立案，但在调查中会同时收集单位及个人的违法证据（如施工方未履行安全义务，负责人未尽管理职责，直接责任人违规操作等）。
     
   • 分别认定责任：根据调查结果，行政机关会明确单位及个人的违法事实、性质、情节，并依据法律分别确定其应承担的责任。
     
   • 分别作出处罚：最终会出具两份处罚决定书：一份针对施工方（如罚款、停业整顿），另一份针对负责人或直接责任人（如罚款、吊销资质、行政拘留等）。
     

3. 例外情形
   若个人违法行为与单位无关（如负责人私自挪用资金），或单位已注销、破产，行政机关可能仅对个人立案处罚。但此类情形需严格依据法律认定，实践中较少见。

建议：若您或您的单位涉及此类案件，需重点关注行政机关的调查程序是否合法（如是否充分听取陈述申辩）、责任划分是否合理（如是否混淆单位与个人责任）。如有疑问，可直接向我咨询具体案件细节。