针对您提出的“未办理施工许可证对单位处罚和负责人处罚要分开立案吗”这一问题，以下是我的详细解答：
在处理未办理施工许可证擅自施工的违法行为时，行政机关通常会根据相关法律法规，对施工单位和直接负责的主管人员或其他直接责任人员分别进行处罚。然而，关于是否需要分开立案，这主要取决于具体的执法实践和地方性法规或规章的规定。
一般原则：
单位处罚：对于未取得施工许可证擅自施工的施工单位，行政机关会依据相关法律法规（如《建设工程质量管理条例》）进行处罚，这通常包括罚款、责令停工整改等措施。在立案时，会以施工单位为被处罚主体进行立案。
负责人处罚：对于直接负责的主管人员或其他直接责任人员，如果其存在违法行为或过失，行政机关也会依法进行处罚，如罚款、警告、记过等。在立案时，若需对负责人进行处罚，通常会以负责人为被处罚主体另行立案，但这并非绝对，有些地方可能将单位与负责人的处罚合并处理，具体取决于地方性法规或规章。
实际操作：
分开立案：在某些地区或执法实践中，为了更清晰地界定责任、更准确地适用法律，行政机关可能会选择对单位和负责人分别立案。这样做有助于确保处罚的针对性和有效性，同时也有利于后续的执法监督和责任追究。
合并处理：然而，也有一些地区或执法实践可能倾向于将单位与负责人的处罚合并处理，特别是在负责人行为与单位行为紧密相关、难以分割的情况下。这样做可以简化执法程序，提高执法效率。
建议：
由于具体是否需要分开立案可能因地区、执法实践或地方性法规的不同而有所差异，因此建议您在遇到此类问题时，首先咨询当地的建设行政主管部门或相关执法机构，以获取最准确、最权威的信息。
同时，作为施工单位或负责人，应严格遵守相关法律法规，及时办理施工许可证等必要手续，以避免不必要的法律风险和处罚。
综上所述，未办理施工许可证对单位处罚和负责人处罚是否需要分开立案，并没有一个统一的答案。它取决于具体的执法实践、地方性法规或规章的规定以及案件的具体情况。因此，在处理此类问题时，应咨询当地相关部门以获取准确指导。