未办理施工许可证擅自施工的建筑项目，主要会处罚建设单位和施工单位，以及可能涉及的相关责任人员。 以下是详细的分析与说明：
一、对建设单位的处罚
责令改正与停工：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条，相关主管部门一旦发现存在未取得施工许可证擅自施工的情况，将首先责令建设单位立即改正，即要求其尽快补办施工许可证等相关手续。
- 同时，对不符合开工条件的会要求停止一切施工活动，直至取得合法的施工许可。
罚款：
- 依据《中华人民共和国建筑法》第六十四条及《建筑工程施工许可管理办法》，对于不符合开工条件的，将对建设单位处以工程合同价款1%以上2%以下的罚款。若建设单位有违法所得，罚款金额可能更高，甚至达到违法所得的五倍。
- 若建设单位采用欺骗、贿赂等不正当手段取得施工许可证，原发证机关将撤销施工许可证，并责令其停止施工，此时对建设单位的罚款额度将提高至工程合同价款的2%以上4%以下。若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
二、对施工单位的处罚
罚款：
- 对施工单位也将处以相应罚款，具体数额根据情节轻重而定，但通常不超过3万元。这是依据《中华人民共和国建筑法》及相关管理办法对施工单位违法行为的直接经济处罚。
其他处理措施：
- 除了经济处罚外，相关主管部门还可能给予施工单位警告、通报批评等其他处理措施，以促使其严格遵守法律法规，规范施工行为。
三、对相关责任人员的处理
- 对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员，相关主管部门也可能根据情节轻重给予警告、罚款等行政处罚。若其行为构成犯罪，如受贿、滥用职权等，还将依法追究刑事责任。
四、可能面临的后续影响
工程竣工验收受限：
- 未办理施工许可证的建筑项目，在后续的工程竣工验收环节可能会遭遇严格审查，甚至可能被拒绝验收，直至相关问题得到妥善解决。这将影响工程的交付使用和建设单位的声誉。
信用记录受损：
- 建设单位和施工单位的违法行为将被记录在案，进入不良信用名单。这将对其未来参与建筑工程项目的投标、融资等活动产生负面影响，限制其业务拓展和发展。
总结与建议
未办理施工许可证擅自施工不仅面临严厉的法律处罚，还可能对单位的信用记录和业务发展造成长远影响。因此，建议所有建设单位和施工单位在建筑施工前务必确保已经取得了合法的施工许可证，以避免不必要的法律风险和损失。同时，相关部门也应加强监管力度，确保建筑施工活动的合法性与规范性。
在处理此类问题时，如果涉及复杂的法律关系或争议，建议及时向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。