未办理施工许可证已开工的，主要处罚建设单位和施工单位。具体来说：
一、处罚对象及依据
根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条及《建筑工程施工许可管理办法》第十二条的规定，未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，相关部门将责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，并可以对相关单位处以罚款。这里的“相关单位”主要指建设单位和施工单位。
二、具体处罚措施
建设单位：
- 责令停止施工：对于正在进行的未办理施工许可证的施工行为，相关部门有权立即责令停止施工，以防止违法行为继续造成不良影响。
- 限期改正：建设单位需在规定期限内补办施工许可证等相关手续，使施工行为合法化。
- 罚款：对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下的罚款。例如，若某项目工程合同价款为1000万元，则建设单位可能面临10万元至20万元的罚款。
施工单位：
- 责令停止施工：与建设单位一样，施工单位也需立即停止未办理施工许可证的施工行为。
- 罚款：对施工单位处3万元以下的罚款，具体金额由执法部门根据违法情节裁量。
三、实际施工情况与后果考量
- 违法情节严重性：具体处罚情况可能会根据实际的施工情况、是否造成严重后果等因素有所差异。例如，如果未办理施工许可证的施工行为已经造成了工程质量问题或安全事故，那么相关单位可能面临更严厉的处罚。
- 及时补办手续：如果建设单位在意识到未办理施工许可证后，能够及时补办并获得相关部门核发的施工许可证，那么可能会根据具体情况从轻处罚或不予处罚。但这一补救措施需在施工行为被发现前或处罚决定作出前完成。
四、建议与提醒
- 依法依规办事：为避免不必要的法律风险和经济损失，建设单位在开工前应严格按照相关规定办理施工许可证。这是确保施工活动合法性的基础。
- 及时咨询法律人士：如遇疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将为你提供全面、准确的法律咨询和服务。
综上所述，未办理施工许可证已开工是违法行为，将面临严厉的法律处罚。因此，建设单位和施工单位务必高度重视施工许可证的办理工作，确保施工活动的合法性。如有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。