加班费三个月结算一次通常是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。加班费作为工资的一部分，也应当遵循这一原则，即按月支付。
《工资支付暂行规定》第七条：
- 工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，这进一步强调了工资（包括加班费）应按月支付的原则。
二、加班费支付原则
- 加班费是基于劳动者的月工资标准和加班小时数来计算的，按照《劳动法》第四十四条的规定进行支付。这些加班费应当计入劳动者当月的工资总额，并按时（通常按月）支付。
三、三个月结算一次加班费的不合法性
违反按月支付原则：
- 三个月结算一次加班费的做法明显违反了《劳动法》和《工资支付暂行规定》中关于工资应按月支付的规定，构成了对劳动者权益的侵害。
可能引发的风险：
- 用人单位延迟支付加班费，可能导致劳动者经济压力增大，影响生活品质。
- 长期不支付或延迟支付加班费，可能引发劳动纠纷，损害用人单位与劳动者之间的信任关系。
- 若被认定为恶意拖欠工资，用人单位可能面临法律制裁和声誉损失。
四、特殊情况下的处理
- 虽然一般情况下三个月结算一次加班费是不合法的，但如果用人单位因生产经营困难、资金周转受到影响等客观原因暂时无法按时支付加班费，且能与工会或职工代表协商延期支付，并明确延期时间，那么这种延期支付可能是被允许的。但需要注意的是，这种延期支付并非无限制，且需确保最终能够足额支付加班费。
五、劳动者权益保护建议
了解自身权益：
- 劳动者应明确加班费应按月支付的法律要求，了解自己的合法权益。
与用人单位沟通：
- 如发现用人单位存在三个月结算一次加班费的情况，劳动者应与用人单位沟通，要求其按照法律规定支付加班费。
寻求法律援助：
- 如沟通无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。在处理此类纠纷时，劳动者应保留好相关证据，如加班记录、工资单等，以便在必要时提供证明。
综上所述，加班费三个月结算一次通常是不合法的。劳动者应了解自己的权益并依法维权，用人单位也应严格遵守法律规定，按时足额支付劳动者加班费。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。