结论：针对您提出的“劳动合同只有公章员工有，但公司不承认有”的问题，这确实是一个比较棘手的劳动纠纷情况。不过，您不必过于担心，我们可以通过多种途径来维护您的合法权益。以下是我为您详细分析的几种情况及建议：
一、法律背景与依据
首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同一旦签订，即具有法律效力，双方应当严格履行。如果公司不承认与您签订了劳动合同，这可能构成违法行为，您有权通过法律途径来维护自己的权益。
二、证据收集与固定
劳动合同原件：
- 您手中的劳动合同是关键证据，务必妥善保管。如果可能，可以复印或扫描多份，以备不时之需。
其他相关证据：
- 工资条、银行转账记录：这些可以证明您与公司之间存在经济往来，是劳动关系的重要证据。
- 工作证、工作服：这些物品可以证明您在公司工作的事实。
- 同事证言：如果有同事愿意为您作证，他们的证言也是有力的证据。
- 工作记录、邮件、聊天记录：这些可以证明您在公司的工作内容和与公司的沟通情况。
三、应对策略与建议
与公司协商：
- 在收集到一定证据后，您可以尝试与公司进行协商，要求公司承认劳动合同的存在并履行相关义务。
- 协商过程中，保持冷静和理性，明确表达自己的诉求和依据。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，请求他们介入调查并处理。
- 投诉时，提供详细的证据和情况说明，以便劳动监察部门能够准确了解事实并作出处理。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门无法解决问题，或者您对处理结果不满意，您可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 仲裁过程中，您需要提交证据来证明劳动合同的存在以及公司的违法行为。仲裁委员会将根据事实和法律作出裁决。
提起诉讼：
- 如果劳动仲裁结果仍然无法满足您的诉求，或者您对仲裁结果有异议，您可以向法院提起诉讼。
- 诉讼过程中，您需要准备充分的证据来支持自己的主张，并遵循法院的诉讼程序进行。
四、注意事项与风险提示
及时行动：
- 劳动纠纷的解决有时效性限制，因此您需要尽快采取行动来维护自己的权益。
保留证据：
- 在整个过程中，务必保留好所有相关证据，以便在需要时能够提供有力的支持。
寻求专业帮助：
- 如果您对法律程序不熟悉或者感到困惑，可以寻求专业律师的帮助来指导您进行维权。
作为林涵律师，我建议您在处理此类劳动纠纷时保持冷静和理性，积极收集证据并寻求专业帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。我会根据您的具体情况提供针对性的法律建议和帮助。