结论：工厂实行“上四休三”的工作制度是否合法，需结合具体情况判断，若符合法律规定则合法；若扣底薪，则需根据劳动合同和法律规定来计算是否合法及如何计算工资。
一、“上四休三”工作制度的合法性
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
- 同时，该法第三十八条规定，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
合法性分析：
- “上四休三”即每周工作四天，休息三天，这种工作制度本身并不违反劳动法的规定，只要每周工作时间不超过四十四小时，且保证劳动者每周至少休息一日。
- 但具体是否合法，还需看工厂是否与劳动者协商一致，并签订了相应的劳动合同或协议，明确工作制度、工作时间、工资待遇等条款。
二、扣底薪的计算问题
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- （一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- （二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- （三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 同时，根据《工资支付暂行规定》，工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
扣底薪的计算分析：
- 如果工厂实行“上四休三”但扣底薪，这可能涉及违法扣除工资的问题。底薪通常是劳动者在正常工作时间内应得的工资，工厂不能随意扣除。
- 若因“上四休三”导致劳动者实际工作时间减少，工厂应按照实际工作时间支付工资，而不是直接扣底薪。具体计算方式应依据劳动合同中的约定，以及工厂的实际工作安排和工资支付制度。
- 计算公式示例（假设底薪为X元/月，正常月工作天数为21.75天，实际工作天数为Y天）：
- 应发工资 = (X / 21.75) * Y
- 如果工厂扣除了底薪中的某部分，且该扣除不符合法律规定或劳动合同约定，则劳动者有权要求工厂补发。
三、建议
- 与工厂协商：如果劳动者对“上四休三”的工作制度或扣底薪有异议，应首先与工厂进行协商，明确工作制度、工作时间、工资待遇等条款。
- 保留证据：劳动者应保留好与工厂签订的劳动合同、工资条、工作安排等证据，以备不时之需。
- 寻求法律援助：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
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