施工承包单位以农民工工资形式套取总承包工程款支付工程欠款是严重违法行为。以下是对此行为的详细法律分析：
一、违法性明确
根据《保障农民工工资支付条例》第五十二条，单位或个人编造虚假事实、采取非法手段讨要农民工工资，或以拖欠农民工工资为名讨要工程款，均属违法行为，将依法受到处理。这一规定直接指出了利用农民工工资套取工程款的法律禁止性。
二、民事法律责任
合同违约：施工承包单位与建设单位签订的工程承包合同中，通常会明确工程款的支付方式和条件。若施工承包单位以农民工工资形式套取工程款，实际上违反了合同中的支付条款，构成违约。建设单位有权要求施工承包单位返还套取的款项，并可能主张赔偿因此造成的损失。
侵犯农民工权益：如果套取的“工资”并未实际支付给农民工，那么这种行为就严重侵害了农民工获取合法劳动报酬的权利。农民工有权通过民事诉讼要求施工承包单位支付应得工资，并主张相应的经济补偿。
三、行政法律责任
劳动法规制：根据《保障农民工工资支付条例》等劳动保障法律法规，以套取工资的虚假手段操作，劳动行政部门将责令改正，并处以罚款。情节严重的，还可能面临更严厉的处罚，如列入失信联合惩戒对象名单等。
建设领域监管：建设行政主管部门对于扰乱建筑市场秩序的行为，将采取一系列处罚措施，如责令停工整顿、降低施工企业资质等级，甚至吊销资质证书等。这些措施旨在规范市场环境，保护合法企业的权益。
四、刑事法律责任
诈骗罪：若施工承包单位以非法占有为目的，通过虚构事实（如编造虚假的农民工用工记录、工资数额等）骗取建设单位工程款，且数额较大，则可能构成诈骗罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，诈骗公私财物数额较大的，将面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或单处罚金的刑罚；数额巨大或有其他严重情节的，处罚更为严厉。
拒不支付劳动报酬罪：若施工承包单位套取工程款后故意不支付农民工工资，经政府有关部门责令支付仍不支付，则符合拒不支付劳动报酬罪的构成要件。同样将面临刑罚处罚，以保障农民工的合法权益。
五、建议与提醒
面对拖欠工程款的情况，施工承包单位应通过合法途径解决，如与建设单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或向法院提起诉讼等。这些方式都是法律提供的合法维权手段，能有效保护施工承包单位的合法权益，同时避免陷入法律风险。
总结来说，施工承包单位以农民工工资形式套取总承包工程款支付工程欠款是严重的违法行为，涉及民事、行政和刑事多个层面的法律责任。作为专业律师，我建议所有参与建筑工程的单位和个人都应严格遵守法律法规，诚信经营，共同维护建筑市场的健康和规范发展。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。