包工头利用农民工工资卡套现工程款是违法的。

包工头利用管理的强势地位，收缴农民工工资卡来套取工程款，这一行为违反了《保障农民工工资支付条例》的相关规定。具体来说：

1. 法律依据：

   • 《保障农民工工资支付条例》第三十一条第四款明确规定，用于支付农民工工资的银行账户所绑定的农民工本人社会保障卡或银行卡，用人单位或者其他人员不得以任何理由扣押或者变相扣押。
   • 同条例的第五十四条进一步规定，扣押或者变相扣押用于支付农民工工资的银行账户所绑定的农民工本人社会保障卡或者银行卡的，由人力资源和社会保障行政部门责令限期整改；逾期不改正的，对单位处2万元以上5万元以下的罚款，对法定代表人或者主要负责人、直接负责的主管人员和其他直接责任人处1万元以上3万元以下的罚款。

2. 实际案例：

   • 以绍兴市的一个案例为例，包工头曹某某在管理期间利用统一办理农民工工资卡的便利，扣押该项目农民工工资卡22张，套取卡内现金用于支付工程材料款、农民工生活费等。最终，绍兴市人力社保局依据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，对曹某某进行了罚款处罚。

因此，包工头利用农民工工资卡套现工程款是明确违法的，不仅损害了农民工的合法权益，也破坏了市场的正常秩序。如果农民工遇到此类情况，应及时向人力资源和社会保障行政部门举报，以维护自己的合法权益。同时，总包单位也应加强对包工头行为的监管，确保农民工工资支付到位。