结论：机构改革后新设的单位，劳动合同年限是否重新计算，需根据具体情况判断，并非必然重新计算。以下从不同角度详细分析：

1. 劳动合同的连续性原则

根据《劳动合同法》及相关规定，劳动合同的履行具有连续性，用人单位的合并、分立、改制等情形，原则上不影响劳动合同的效力。若新设单位系原单位改制、合并或分立而来，且劳动者继续在新单位工作，劳动合同年限通常应连续计算，原劳动合同继续有效，新单位需承继原单位的权利义务。

举例：某事业单位因改革重组为新单位，劳动者原劳动合同期限为5年，已履行3年。改革后，劳动者继续在新单位工作，则剩余2年合同期限仍有效，新单位不得单方面重新计算年限。

2. 重新签订劳动合同的例外情形

若新设单位与原单位无直接承继关系（如完全独立的法人主体），或劳动者与新单位协商一致重新签订劳动合同，可能涉及年限重新计算。但需注意：

• 协商一致原则：重新签订合同需劳动者明确同意，且不得违反《劳动合同法》关于试用期、无固定期限合同等强制性规定。
• 经济补偿风险：若原单位未支付经济补偿，且新单位要求重新计算年限，可能涉及劳动者权益受损，劳动者可主张原合同权益。

举例：原单位因政策性关闭，劳动者被安排至新设的关联企业工作。若新企业要求重新签订合同且劳动者同意，年限可重新计算；但若劳动者拒绝，新企业应延续原合同期限。

3. 实务中的关键证据

劳动者需保留以下证据，以维护自身权益：

• 原劳动合同、工资记录、社保缴纳证明等，证明劳动关系连续性；
• 改制文件、新单位承继关系的公告或协议，明确新单位的法律地位；
• 与新单位沟通的书面记录（如邮件、聊天记录），证明是否协商一致重新签订合同。

4. 法律建议

• 劳动者：若新单位主张重新计算年限，可要求其出具书面说明，并咨询律师评估风险。若原单位未支付经济补偿，可主张连带责任。
• 用人单位：改制时应明确劳动合同承继方案，避免纠纷。若需重新签订合同，应与劳动者充分沟通，并依法支付经济补偿（如需）。

总结：机构改革后，劳动合同年限是否重新计算需结合改制性质、劳动关系连续性及双方协商情况综合判断。劳动者应关注自身权益，用人单位需依法操作。如有具体问题，可直接向我咨询。