对于违反规划擅自改变建筑物使用性质，且对限期改正处罚不履行的情形，行政机关可依法采取强制执行措施，并可能追究相关责任人的法律责任。具体处理方式如下：

1. 强制执行措施
   根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十八条，城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
   若改变使用性质的行为涉及建筑物内部结构或功能调整（如将住宅改为商业用途），且未通过规划变更审批，行政机关可依据《行政强制法》第十二条，直接实施强制恢复原状（如封停违规场所、恢复原有使用功能）。

2. 行政处罚的加处与执行
   若限期改正处罚包含罚款，当事人逾期不履行的，行政机关可依据《行政处罚法》第七十二条，每日按罚款数额的3%加处罚款（加处罚款数额不得超出原罚款数额），并申请人民法院强制执行罚款及加处罚款。
   例如，若原罚款为10万元，逾期30日未缴纳，加处罚款最高可达10万元，总计需缴纳20万元。

3. 刑事责任风险
   若擅自改变使用性质的行为导致重大安全隐患（如将工业厂房改为人员密集场所未进行消防改造），且引发安全事故，可能触犯《刑法》第一百三十四条（重大责任事故罪）或第一百三十九条（消防责任事故罪），相关责任人需承担刑事责任。

4. 信用惩戒与联合监管
   部分地区将此类违法行为纳入社会信用体系，当事人可能面临限制高消费、限制参与政府采购等联合惩戒措施。例如，根据《国务院关于建立完善守信联合激励和失信联合惩戒制度加快推进社会诚信建设的指导意见》，违规主体可能在市场准入、资质审核等环节受到限制。

建议：若您或相关方已收到限期改正通知，应尽快委托专业机构评估整改可行性（如是否需重新报批规划变更），并在法定期限内完成整改或申请行政复议/诉讼。若对处罚决定有异议，需在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院起诉，避免因逾期不履行导致强制执行或信用受损。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。