结论：因身体不达标与公司协商离职，是否能领取补偿金，这主要取决于离职的具体情况和双方协商的结果，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
协商一致离职且公司愿意支付补偿金：
- 如果双方能够就离职补偿达成一致，并且公司愿意支付相应的补偿金，那么员工当然可以领取到补偿金。这种情况下，补偿金的数额和支付方式通常会在离职协议中明确约定。
协商一致离职但公司不愿支付补偿金：
- 如果双方虽然协商一致离职，但公司不愿意支付补偿金，那么员工能否领取到补偿金就取决于具体的法律规定和离职原因。在一般情况下，如果员工是因为身体不达标（非因工负伤或疾病）而主动提出离职，且没有证据表明公司存在过错或违法行为，那么员工可能无法直接依据法律规定要求公司支付补偿金。然而，如果双方在劳动合同或公司规章制度中有相关约定，或者公司出于人道主义考虑愿意支付一定补偿，那么员工仍有可能领取到部分或全部补偿金。
公司提出解除劳动合同并愿意支付补偿金：
- 如果公司因为员工身体不达标（且该不达标情况影响了员工的正常工作或公司的正常运营）而提出解除劳动合同，并且愿意按照法律规定支付经济补偿金，那么员工可以领取到相应的补偿金。根据《劳动合同法》的相关规定，公司因员工不能胜任工作（包括身体不达标导致无法胜任）而解除劳动合同的，应当支付经济补偿金。经济补偿金的计算方式通常是根据员工在公司的工作年限和月工资来确定的。
- 计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）。例如，如果员工在公司工作了5年，月工资为5000元，那么经济补偿金就是5年 × 5000元/年 = 25000元。
公司违法解除劳动合同：
- 如果公司因为员工身体不达标而违法解除劳动合同（例如，没有提前通知员工、没有支付经济补偿金等），那么员工不仅可以要求公司支付经济补偿金，还可以要求公司支付赔偿金。赔偿金的数额通常是经济补偿金的两倍。
建议：
- 在离职前，尽量与公司就离职补偿问题进行充分协商，并尽量达成书面协议，以明确双方的权利和义务。
- 如果公司不愿意支付补偿金或双方无法就补偿问题达成一致，员工可以咨询专业律师（即向我咨询）或向当地劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在处理离职补偿问题时，员工应保留好相关证据（如劳动合同、工资单、离职协议等），以便在需要时提供证明。