公司使用商住两用房给员工居住，在符合相关法律法规和规定的情况下，是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法性角度
房屋用途合规性：
- 商住两用房，从其名称可知，兼具商业和住宅两种用途。如果该房屋的产权性质明确允许用于居住（例如，在房产证或规划用途中明确标注了居住功能），并且公司按照相关规定办理了必要的登记或备案手续（如居住登记等），那么将此类房屋提供给员工居住，在房屋用途上是合规的。
- 举例：若某商住两用房的房产证上明确写有“商住”用途，且当地政策允许在此类房屋中设置居住功能，公司将其装修后作为员工宿舍，就符合房屋用途的要求。
租赁或使用协议：
- 公司与员工之间应当签订明确的租赁或使用协议，明确双方的权利和义务，如居住期限、租金（如有）、房屋维护责任等。这有助于保障双方的合法权益，避免后续产生纠纷。
- 法律建议：协议内容应详细、具体，并符合相关法律法规的规定。例如，租金标准应合理，不得违反当地关于租金调控的政策；房屋维护责任应明确，确保房屋的安全和正常使用。
消防安全与卫生标准：
- 商住两用房作为员工居住场所，必须符合消防安全和卫生标准。公司应确保房屋内的消防设施齐全、有效，并定期进行维护和检查；同时，应保持房屋的清洁卫生，为员工提供一个安全、健康的居住环境。
- 可能后果：如果房屋不符合消防安全或卫生标准，一旦发生火灾或其他安全事故，公司可能面临法律责任，包括行政处罚和民事赔偿等。
特殊情况考虑
地方政策差异：
- 不同地区对于商住两用房的使用和管理可能存在差异。一些地区可能对于商住两用房的居住功能有更为严格的限制或要求。因此，公司在将商住两用房提供给员工居住前，应先了解当地的相关政策规定。
- 举例：某些城市可能规定商住两用房不得作为集体宿舍使用，或者对居住人数有限制等。公司应遵守这些规定，以免触犯法律。
员工权益保障：
- 公司在提供房屋居住时，应尊重员工的合法权益，不得侵犯员工的隐私权、人身安全等。例如，公司不得在房屋内安装未经员工同意的监控设备；应确保房屋的结构安全，避免对员工造成人身伤害。
总结与建议：公司在使用商住两用房给员工居住时，应确保房屋用途合规、签订明确的租赁或使用协议、符合消防安全与卫生标准，并了解当地的相关政策规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。