结论：员工在协商补偿后仍申请仲裁要求支付加班费，这主要取决于协商补偿的内容是否已明确涵盖了加班费，以及协商过程是否合法合规。以下从不同角度进行分析：
一、协商补偿内容明确涵盖加班费的情况
法律背景：
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者有权获得加班费，这是其合法权益。
- 如果双方在协商补偿时，已明确约定补偿金额中包含了加班费，并且这一约定是双方真实意思的表示，没有违反法律、行政法规的强制性规定，也没有违背公序良俗，那么该约定是有效的。
法律建议：
- 在这种情况下，员工再申请仲裁要求支付加班费，可能不会被支持。因为双方已经就加班费问题达成了协议，并且该协议已经履行或正在履行。
- 雇主可以提供协商补偿的协议或相关证据，证明加班费已经包含在补偿金额中，以应对员工的仲裁申请。
二、协商补偿内容未明确涵盖加班费的情况
法律背景：
- 如果双方在协商补偿时，没有明确约定补偿金额中是否包含加班费，或者约定不明确，那么员工仍有权申请仲裁要求支付加班费。
- 加班费是劳动者的合法权益，除非劳动者明确放弃，否则雇主不能通过协商补偿的方式剥夺这一权利。
法律建议：
- 雇主应首先审查协商补偿的协议或相关证据，确认是否明确约定了加班费的问题。
- 如果没有明确约定，雇主应积极与员工沟通，尝试通过协商解决加班费的问题。如果协商不成，雇主应做好应对仲裁的准备，包括收集相关证据、准备答辩材料等。
- 员工在申请仲裁时，应提供加班的证据（如加班记录、考勤表等）以及未获得加班费的证据（如工资条、银行转账记录等），以支持其仲裁请求。
三、协商过程存在违法违规情况
法律背景：
- 如果协商补偿的过程存在欺诈、胁迫、乘人之危等违法违规情况，导致员工在违背真实意思的情况下签订了协商补偿协议，那么该协议可能被认定为无效或可撤销。
法律建议：
- 在这种情况下，员工可以申请仲裁或提起诉讼，要求撤销协商补偿协议，并主张其合法权益（包括加班费）。
- 雇主应审查协商补偿的过程是否存在违法违规情况，如果存在，应积极采取措施进行纠正，以避免法律风险。
进一步思考：为了避免类似纠纷的发生，雇主在与员工协商补偿时，应明确约定补偿金额中是否包含加班费，并确保协商过程合法合规。同时，雇主应建立完善的加班管理制度和工资支付制度，确保员工的加班费得到及时、足额的支付。如果员工对协商补偿或加班费有疑问或争议，应及时咨询专业律师或相关机构，以维护其合法权益。
最后，如果你或你所在的企业遇到类似劳动纠纷问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。