结论：公司擅自将公积金缴存比例从12%调整为5%是否合法，需分情况判断，核心依据是是否符合当地公积金缴存比例的上下限规定，以及是否履行法定程序。

1. 若当地公积金缴存比例下限为5%，且调整程序合法，则可能合法

根据《住房公积金管理条例》第十八条，职工和单位住房公积金的缴存比例均不得低于职工上一年度月平均工资的5%，有条件的城市可以适当提高缴存比例。具体缴存比例由住房公积金管理委员会拟订，经本级人民政府审核后，报省、自治区、直辖市人民政府批准。

• 合法性前提：
  
  • 公司调整后的比例（5%）不低于当地规定的最低比例（如当地最低为5%）；
    
  • 公司履行了法定程序，如经职工代表大会或工会讨论通过，并向住房公积金管理中心备案。
    
• 风险提示：即使符合最低比例，若公司未履行民主程序（如未与职工协商或未公示），仍可能因程序违法被要求整改。

2. 若当地公积金缴存比例下限高于5%，或调整程序违法，则不合法

• 违法情形：
  
  • 当地规定最低缴存比例高于5%（如北京、上海等城市要求最低比例为5%，但部分城市可能要求更高）；
    
  • 公司单方面降低比例，未与职工协商或未履行备案手续。
    
• 法律后果：
  
  • 住房公积金管理中心可责令公司限期缴存；
    
  • 逾期仍不缴存的，可申请人民法院强制执行，并可能对公司处以罚款（《住房公积金管理条例》第三十七条、第三十八条）。

3. 特殊情形：经营困难可申请缓缴或降低比例，但需严格审批

若公司因经营困难无法按原比例缴存，可依据《住房公积金管理条例》第二十条，经职工代表大会或工会讨论通过，并经住房公积金管理中心审核，报住房公积金管理委员会批准后，可降低缴存比例或缓缴。但需注意：

• 降低比例或缓缴的期限一般不超过一年；
  
• 需提供经营困难的证明材料（如财务报表、审计报告等）；
  
• 审批通过后方可实施，否则仍属违法。

建议行动

1. 核实当地规定：登录当地住房公积金管理中心官网，查询最低缴存比例要求；
   
2. 检查公司程序：要求公司出示调整比例的民主协商记录（如职工代表大会决议）及备案证明；
   
3. 维权途径：若公司违法降低比例，可向住房公积金管理中心投诉（电话12329），或通过劳动仲裁主张权益。
   

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