核心结论：员工6月离职时已休7天年假，剩余年假处理需分情况讨论，具体如下：

1. 若员工离职符合法定或合同约定条件，且已休年假天数未超过其应休年假天数
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条，用人单位与职工解除或终止劳动合同时，当年度未安排职工休满应休年休假天数的，应当按照职工当年已工作时间折算应休未休年休假天数，并支付未休年休假工资报酬。但若员工已休天数未超过其应休天数（如员工工作至6月，应休年假为5天，但已休7天），则属于超休情形。此时，用人单位无权要求员工返还超休部分工资，但若劳动合同或规章制度中有明确约定（如“超休年假需从工资中扣除”），且该约定不违反法律强制性规定，则可能按约定处理。不过，实践中此类约定可能因“显失公平”被认定无效，建议用人单位优先通过协商解决。

2. 若员工离职时已休年假天数超过其应休天数，且用人单位无合法依据扣除工资
   若员工应休年假为5天（按工作至6月折算），但已休7天，超休2天。根据《劳动法》及《企业职工带薪年休假实施办法》，年假是劳动者依法享有的福利，超休部分通常视为用人单位自愿给予的福利，不得要求员工返还工资。但若用人单位能证明超休是由于员工故意隐瞒离职意向或恶意休假导致，可能通过内部规章制度或劳动合同约定追究责任，但需满足“制度合法、程序合规、证据充分”等条件，否则仍面临败诉风险。

3. 建议处理方式

   • 用人单位角度：
     
     • 核对员工应休年假天数（按当年已工作时间折算：当年度在本单位已过日历天数÷365天×职工本人全年应当享受的年休假天数，不足1整天的部分不支付未休年休假工资报酬）；
       
     • 若员工超休，优先与员工协商补回工作时间或扣除其他福利（如调休）；
       
     • 若需扣除工资，确保劳动合同或规章制度中有明确约定，且已履行民主程序（如职工代表大会讨论、公示等）。
       
   • 员工角度：
     
     • 若用人单位要求返还超休部分工资，可要求其提供法律依据或合同约定；
       
     • 若用人单位无合法依据扣除工资，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张返还被扣工资。

总结：员工离职时年假超休的处理需结合应休天数、合同约定及用人单位规章制度综合判断。若您是用人单位，建议优先协商并完善内部制度；若您是员工，可依法维护自身权益。如有具体细节需进一步分析，可直接向我咨询。