员工6月离职且当月已休3天年假的工资及年假计算，需结合以下核心因素综合判断：

1. 年假天数计算依据
   根据《职工带薪年休假条例》第三条，年假天数由员工累计工作年限决定：

   • 累计工作满1年不满10年：5天/年
     
   • 满10年不满20年：10天/年
     
   • 满20年：15天/年
     需核实员工实际工作年限，以确定其全年应休年假天数。例如，若员工累计工作满5年，全年应休5天年假。

2. 离职当月年假折算规则
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条，离职当月未休年假应按日工资收入300%支付报酬（含正常工资），已休年假超过应休比例的无需扣回。具体公式为：
   （当年度在本单位已过日历天数÷365天）×全年应休年假天数－当年度已休年假天数

   • 若结果为正数：剩余年假按300%支付工资（其中100%已随当月工资发放，需额外支付200%）。
     
   • 若结果为负数：已休年假未超过应休比例，无需扣回工资。
     示例：员工6月30日离职，全年应休5天，已休3天。
     计算：（181÷365）×5－3≈2.48－3=－0.52（负数）→ 无需扣回工资。
     若员工全年应休10天，已休3天：
     计算：（181÷365）×10－3≈4.96－3=1.96（正数）→ 需按1.96天支付额外200%工资。

3. 公司规章制度与劳动合同的优先性
   若公司规章制度或劳动合同中明确约定了年假计算方式（如按实际工作月份折算年假），且该约定不违反法律强制性规定，则优先适用约定。例如，约定“离职时年假按实际工作月份折算，已休部分超过折算天数的需扣回工资”，此时需按约定执行，但扣回部分不得超过员工已领取的工资总额。

4. 实务操作建议

   • 公司角度：
     
     1. 离职前与员工核对年假记录，明确已休天数及应休天数。
        
     2. 若需扣回工资，确保规章制度经民主程序制定并公示，避免违法风险。
        
     3. 保留员工签字确认的年假记录及工资支付凭证。
        
   • 员工角度：
     
     1. 要求公司提供年假计算依据及工资支付明细。
        
     2. 若公司违法扣回工资，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
        

结论：员工6月离职且当月已休3天年假的工资及年假计算，需根据工作年限、离职时间、公司制度综合判断。若已休天数未超过应休比例，公司无需扣回工资；若超过，需按日工资300%支付报酬（含正常工资）。建议双方核对记录并保留证据，必要时通过法律途径解决争议。