结论：土地纠纷中，夫妻只有一个人私下签协议，在一定条件下是可以申请撤销的。具体能否撤销，需结合协议内容、签订过程及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、协议签订的主体资格与效力
夫妻共同财产的处分：
- 若土地属于夫妻共同财产，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻对共同财产有平等的处理权。一方未经另一方同意，擅自签订土地转让或处置协议，可能构成无权处分。
- 在此情况下，另一方有权主张该协议无效或申请撤销，尤其是当该处分行为损害了其合法权益时。
个人财产的处分：
- 若土地属于夫妻一方的个人财产（如婚前财产或通过继承、赠与等方式明确归一方所有的财产），则该方有权单独处分，无需另一方同意。
- 但即便如此，如果签订协议时存在欺诈、胁迫等情形，受损害方仍有权申请撤销该协议。
二、申请撤销协议的法律依据
欺诈、胁迫：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十八条和第一百五十条，如果一方以欺诈、胁迫手段使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方或受胁迫方有权请求人民法院或仲裁机构予以撤销。
显失公平：
- 若协议内容显失公平，即一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方也有权申请撤销（依据《中华人民共和国民法典》第一百五十一条）。
重大误解：
- 如果签订协议时存在重大误解，即行为人因对行为的性质、对方当事人、标的物的品种、质量、规格和数量等的错误认识，使行为的后果与自己的意思相悖，并造成较大损失的，受损害方同样有权申请撤销（依据《中华人民共和国民法典》第一百四十七条）。
三、申请撤销协议的流程与注意事项
收集证据：
- 申请撤销协议前，需收集充分证据证明协议存在欺诈、胁迫、显失公平或重大误解等情形。
提起诉讼或申请仲裁：
- 根据协议约定或法律规定，选择向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，请求撤销该协议。
注意时效：
- 申请撤销协议的时效一般为自知道或应当知道撤销事由之日起一年内（依据《中华人民共和国民法典》第一百五十二条）。逾期未行使的，撤销权消灭。
四、特殊情况下的考虑
第三方善意取得：
- 如果协议已履行，且第三方已善意取得土地权益（如已办理土地过户手续），则可能构成善意取得，此时撤销协议可能面临法律障碍。
协议部分无效：
- 如果协议部分内容违法或无效，但不影响其他部分效力的，其他部分仍可能有效。此时，需根据具体情况判断是否可撤销整个协议或仅撤销无效部分。
建议：在处理此类土地纠纷时，建议尽快咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的法律策略。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。