结论：甲方给农民工付工程款配资这一行为是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
合法配资的情形：
- 正常支付工程款：如果甲方按照与农民工或其所在单位（如包工头、劳务公司）签订的合同约定，按时、足额支付工程款，且该款项直接用于支付农民工的工资，那么这种行为是合法的。这是甲方履行合同义务，保障农民工劳动权益的基本体现。
- 合法垫资：在某些情况下，甲方可能因资金周转问题需要垫资支付工程款。只要这种垫资行为符合合同约定，且不违反相关法律法规（如不涉及高利贷、非法集资等），那么甲方垫资支付农民工工资也是合法的。
可能违法的情形：
- 非法集资或高利贷：如果甲方以支付工程款为名，向农民工或其所在单位非法集资，或者以高利贷的形式提供资金，那么这种行为是违法的。非法集资和高利贷都受到法律的严格禁止，并可能面临刑事处罚。
- 拖欠或克扣工资：如果甲方虽然提供了资金，但并未按照合同约定或法律规定足额支付农民工工资，或者存在拖欠工资的情况，那么这种行为也是违法的。农民工有权依法维护自己的劳动权益，要求甲方支付拖欠的工资及相应的经济补偿。
- 违反财务规定：如果甲方在支付工程款时，未按照相关财务规定进行操作，如未开具正规发票、未进行规范的账务处理等，那么这种行为可能违反财务管理制度，虽然不一定直接构成违法，但可能面临税务、审计等部门的处罚。
法律建议：
- 明确合同条款：甲方在与农民工或其所在单位签订合同时，应明确约定工程款的支付方式、时间、金额等条款，以避免后续纠纷。
- 遵守法律法规：甲方在支付工程款时，应严格遵守相关法律法规，不得进行非法集资、高利贷等违法行为。
- 保障农民工权益：甲方应确保支付的工程款足额用于支付农民工工资，不得拖欠或克扣。同时，应积极配合农民工或其所在单位办理相关手续，如开具发票、进行账务处理等。
- 及时咨询法律意见：如果甲方对支付工程款配资的法律问题存在疑问或不确定，应及时咨询专业律师或法律机构，以获取准确的法律意见和指导。
后续行动建议：如果您作为甲方或农民工，在支付或接收工程款时遇到法律问题或纠纷，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。