公司行政司机加班费的计算需根据其工时制度及实际加班情况确定，具体如下：

1. 标准工时制下的加班费计算
   若司机适用标准工时制（每日8小时、每周40小时），加班费计算需区分工作日、休息日和法定节假日：

   • 工作日加班：支付不低于工资150%的加班费（如日工资为200元，则每小时加班费为200÷8×1.5=37.5元）；
     
   • 休息日加班：若不能安排补休，支付不低于工资200%的加班费（如周六加班且未补休，日加班费为200×2=400元）；
     
   • 法定节假日加班：支付不低于工资300%的加班费（如国庆节加班，日加班费为200×3=600元）。
     法律依据：《劳动法》第四十四条。

2. 不定时工时制下的加班费规则
   若司机经劳动行政部门批准实行不定时工时制（如因工作性质需灵活安排时间），则一般不适用加班费规定。但需注意：

   • 法定节假日加班仍需支付300%工资（部分地区如上海明确规定）；
     
   • 司机需保留考勤记录或工作安排证据，以应对可能的争议。
     法律依据：《工资支付暂行规定》第十三条第四款。

3. 综合计算工时制下的加班费计算
   若司机适用综合计算工时制（如以周、月为周期综合计算工作时间），则：

   • 周期内总工时超过法定标准（如月166.64小时）的部分，按150%支付加班费；
     
   • 法定节假日加班仍按300%支付。
     示例：司机月总工时180小时，超出13.36小时，加班费为日工资÷8×13.36×1.5。

4. 关键证据与操作建议

   • 证据保留：司机需保存加班通知、行车记录、考勤表等证明加班事实的材料；
     
   • 工资结构核查：确认劳动合同中是否明确工资构成（如基本工资+绩效），加班费基数通常以基本工资为准；
     
   • 争议解决：若公司拒付加班费，司机可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张加班费及50%-100%赔偿金（依据《劳动合同法》第八十五条）。

提示：具体计算需结合司机劳动合同、工时审批文件及实际加班证据，建议根据个案情况进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询具体操作细节。