公司司机加班费的计算是一个涉及多个因素的过程，需要严格遵循《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规的规定。以下是对公司司机加班费计算方式的详细解答：

一、加班费计算的基础

加班费的计算首先需要确定一个工资基数，这个基数通常是劳动合同中约定的工资，它包括了基本工资、岗位工资、职务工资等各项工资的总和。如果劳动合同中没有明确约定，或者约定的工资低于当地最低工资标准，那么应按照劳动者正常出勤的月工资收入作为加班工资计算基数，但同样不得低于当地最低工资标准。此外，如果集体合同对加班工资计算基数有更高约定，那么应优先遵循集体合同的约定。

二、不同加班情形的计算方法

1. 平日加班（延长工作时间）：

   • 加班工资 = 月工资基数 ÷ 全年月平均计薪日 × 150% × 加班天数（或小时数）。
   • 例如，司机月工资基数为5000元，某日加班3小时，那么加班工资就是：5000 ÷ 21.75（全年月平均计薪日）× 150% × 3 ≈ 103.45元。

2. 周末加班（休息日加班）：

   • 若不能安排补休，加班工资 = 月工资基数 ÷ 全年月平均计薪日 × 200% × 加班天数。
   • 例如，司机月工资基数为5000元，周末加班1天且未安排补休，那么加班工资就是：5000 ÷ 21.75 × 200% × 1 ≈ 459.77元。

3. 法定节假日加班：

   • 加班工资 = 月工资基数 ÷ 全年月平均计薪日 × 300% × 加班天数。
   • 例如，国庆节期间司机加班1天，月工资基数为5000元，那么加班工资就是：5000 ÷ 21.75 × 300% × 1 ≈ 689.66元，且这种加班不能以补休代替。

三、特殊工时制度的考虑

1. 不定时工作制：

   • 经劳动行政部门审批实行不定时工作制的司机，不执行加班工资的相关规定。但部分地区在法定休假日工作，仍需按不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。

2. 综合计算工时工作制：

   • 对于实行综合计算工时工作制的司机，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，视为延长工作时间，按不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资；法定休假日安排工作的，按不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。

四、注意事项

1. 及时申请与记录：

   • 司机在加班后应及时向上级主管提出加班费申请，并提供详细的加班时间和原因。公司应准确记录司机的加班时间，以便核对和计算加班费。

2. 合法合规支付：

   • 用人单位应依法支付加班费，确保劳动者的合法权益得到保障。不得克扣或无故拖欠司机的加班费。

3. 了解政策与权益：

   • 司机应充分了解公司的加班费政策以及相关的法律法规，确保自身权益不受损害。如果发现公司存在违法支付加班费的情况，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

综上所述，公司司机加班费的计算需要综合考虑多个因素，包括工资基数、加班情形、工时制度等。在实际操作中，司机与公司应共同遵守相关法律法规，确保加班费计算的准确性和支付的及时性。