结论：在公司上班开车运输中闯红灯撞车，责任承担及赔偿问题需根据具体情况分析，一般可能涉及公司、驾驶员及第三方（如保险公司）的责任划分。
详细分析：
驾驶员责任：
- 违章行为：闯红灯是明确的违章行为，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，驾驶员需承担相应的行政责任，如罚款、扣分等。
- 民事责任：若因闯红灯导致交通事故，驾驶员还需承担民事赔偿责任，赔偿因事故造成的损失，包括车辆维修费用、医疗费用、误工费等。
公司责任：
- 职务行为：若驾驶员是在执行公司职务过程中发生事故，根据《中华人民共和国民法典》中关于职务行为的规定，公司可能需承担一定的民事责任。具体来说，如果事故是由于驾驶员在执行工作任务时因故意或重大过失造成的，公司有权向驾驶员追偿；但如果驾驶员只是一般过失，公司则需承担赔偿责任，之后可依据内部规定向驾驶员追偿部分或全部损失。
- 管理责任：公司还需考虑其是否尽到了对驾驶员的安全教育和管理责任。如果公司未能提供充分的安全培训或未对驾驶员的违章行为进行有效管理，公司也可能需承担一定的管理责任。
保险公司责任：
- 交强险：根据《机动车交通事故责任强制保险条例》，所有上路行驶的机动车都必须投保交强险。在事故中，交强险将在限额内赔偿受害人的损失。
- 商业险：如果公司或驾驶员还投保了商业险（如第三者责任险、车损险等），保险公司将在保险合同约定的范围内承担赔偿责任。
赔偿流程：
- 报警并定责：事故发生后，应立即报警并等待交警到场处理。交警将根据现场情况出具事故责任认定书，明确各方责任。
- 保险报案：及时向保险公司报案，并提供相关证据和资料。
- 协商赔偿：根据事故责任认定书和保险合同，各方协商赔偿事宜。如果协商不成，可以通过法律途径解决。
- 执行赔偿：一旦赔偿协议达成或法院判决生效，各方应按照约定或判决执行赔偿。
建议：
- 驾驶员：应严格遵守交通规则，避免违章行为。在执行公司职务时，更应谨慎驾驶，确保安全。
- 公司：应加强对驾驶员的安全教育和管理，定期组织安全培训，提高驾驶员的安全意识。同时，应确保车辆投保了足够的保险，以应对可能发生的事故。
- 在事故发生后：各方应保持冷静，及时报警并保护现场。在协商赔偿时，应依据事故责任认定书和保险合同进行，避免不必要的纠纷。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。