请假次数多，公司扣工资是否违法，这主要取决于公司的规章制度以及请假的原因。以下从不同角度为你详细分析：
公司规章制度合法且合理的情况：
- 如果公司的规章制度中明确规定了请假次数与工资扣除的关联，并且这一规定不违反国家法律法规的强制性规定，同时公司在制定规章制度时遵循了民主程序（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），并进行了公示或告知了劳动者，那么公司按照规章制度扣除工资可能是合法的。
- 举例：公司规定，每月请假超过3天，超出部分每天扣除当日工资的20%。若员工当月请假了5天，那么公司扣除超出3天的2天工资的20%，这一行为在规章制度合法且合理的前提下，是合法的。
公司规章制度不合法或不合理的情况：
- 如果公司的规章制度中关于请假扣工资的规定违反了国家法律法规的强制性规定，或者制定程序不合法（如未经过民主程序、未公示或未告知劳动者），那么这一规定是无效的，公司不能依据此规定扣除工资。
- 举例：公司规定，无论请假原因，每月请假即扣除当月全部奖金。这一规定可能因过于苛刻且未考虑请假原因（如病假、事假等）而违反法律法规的公平原则，因此是无效的。
请假原因的影响：
- 请假的原因也是判断公司扣工资是否合法的重要因素。如果员工请假是因为患病或非因工负伤，且提供了相应的医疗证明，那么公司应按照国家规定支付病假工资或疾病救济费，而不能随意扣除。
- 法律依据：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内，企业不得解除劳动合同，并应支付病假工资或疾病救济费，具体标准由各地规定，但不得低于当地最低工资标准的80%。
实际操作建议：
- 对于员工而言，如果认为公司扣除工资的行为违法或不合理，可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣工资的依据和理由。
- 如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结来说，请假次数多公司扣工资是否违法，不能一概而论。它取决于公司的规章制度是否合法合理、请假的原因以及具体的操作方式。如果你对此有疑问或认为公司的行为违法，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律建议。