若因违反公司制度被扣钱，可按以下步骤处理：

1. 核查公司制度及扣款依据
   首先需确认公司制度中是否明确规定了对应违规行为的扣款条款，包括扣款比例、上限及适用情形。根据《劳动合同法》第四条，公司制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示或告知劳动者后方可生效。若制度未履行法定程序，或扣款条款超出《工资支付暂行规定》第十六条规定的“不超过当月工资20%”且“扣除后不低于当地最低工资标准”的限度，则扣款行为可能违法。

2. 与公司协商或提出异议
   若发现制度或扣款存在瑕疵，可书面要求公司说明扣款理由、提供制度依据及计算方式。根据《劳动争议调解仲裁法》第五条，劳动者有权与用人单位协商解决争议。若协商无果，可向公司工会或劳动争议调解组织申请调解。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼
   若调解失败，可向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张公司返还违法扣款。仲裁时效为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。若对仲裁结果不服，可向法院提起诉讼。需注意，仲裁或诉讼中需提供劳动合同、工资条、扣款通知等证据证明扣款事实及公司违法性。

4. 特殊情形处理

   • 因劳动者原因造成经济损失的扣款：根据《工资支付暂行规定》第十六条，公司可要求劳动者赔偿经济损失，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。若公司扣款超出此限度，劳动者可主张返还超额部分。
     
   • 制度未公示或未告知劳动者的情形：若公司无法证明制度已公示或告知劳动者，则制度对劳动者不产生约束力，扣款行为可能被认定为违法。

建议：处理此类纠纷时，优先通过书面形式（如邮件、微信）与公司沟通，保留沟通记录作为证据。若公司态度强硬，可携带劳动合同、工资条、扣款通知等材料，直接向我咨询具体维权策略。