结论前置：员工因违反公司管理制度被扣100元，这一行为的合法性及后续处理方式需根据具体情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 公司管理制度的合法性：

   • 合法前提：公司管理制度必须合法有效，即其制定程序、内容均需符合法律法规的规定，且不得与劳动合同、集体合同等相冲突。若公司管理制度本身违法或不合理，那么基于此制度对员工进行的处罚（包括扣款）可能也是不合法的。
   • 审查要点：员工应首先审查公司管理制度是否经过民主程序制定，是否公示或告知员工，以及扣款条款是否明确、合理，是否超过了法定限额（如《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准）。

2. 扣款行为的合法性：

   • 合法情形：若公司管理制度合法有效，且员工确实违反了该制度中的相关规定，公司有权根据制度对员工进行处罚，包括扣款。但扣款必须遵循合法、合理、公正的原则，且不得违反法律法规的强制性规定。
   • 非法情形：若公司管理制度违法或不合理，或者扣款行为超出了制度规定的范围或限额，或者扣款行为违反了法律法规的强制性规定（如未经员工同意擅自扣款、扣款后员工工资低于最低工资标准等），则扣款行为可能是非法的。

3. 员工的应对措施：

   • 沟通协商：员工首先可以尝试与公司进行沟通协商，了解扣款的具体原因和依据，以及是否有其他解决方案。通过沟通协商，可能能够达成双方都能接受的解决方案。
   • 投诉举报：若沟通协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报公司的违法行为。劳动监察部门有权对公司进行调查处理，并维护员工的合法权益。
   • 申请仲裁或提起诉讼：若投诉举报后问题仍未得到解决，员工还可以根据具体情况选择申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明公司的违法行为以及自己的损失情况。

额外建议：作为员工，在面对公司扣款等处罚时，应保持冷静和理性，不要采取过激行为。同时，员工也应增强自己的法律意识，了解自己的权益和义务，以便在遇到问题时能够及时有效地维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。