国有企业与事业单位合作建房的合法性，需根据具体情况及相关法律法规进行综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法性基础
法律法规允许：
- 在符合国家土地管理、城乡规划、房地产管理等相关法律法规的前提下，国有企业与事业单位合作建房是合法的。这要求双方必须依法取得土地使用权，并按照规划要求进行建设。
政策支持：
- 在某些特定情况下，如为了解决职工住房问题、促进区域发展等，政府可能会出台相关政策支持国有企业与事业单位合作建房。这种情况下，合作建房行为将具有更明确的合法性依据。
二、可能存在的法律风险及合规要点
土地使用权问题：
- 双方必须确保合作建房所使用的土地已经依法取得使用权，且土地用途符合规划要求。如果土地使用权存在争议或违规使用，将可能导致合作建房行为违法。
- 合规建议：在合作前，双方应共同对土地使用权进行尽职调查，确保土地权属清晰、用途合法。
规划审批问题：
- 合作建房项目必须依法取得规划许可、施工许可等相关审批手续。未经审批擅自建设，将构成违法建设行为。
- 合规建议：双方应共同向相关部门申请规划审批和施工许可，确保项目合法合规进行。
合作协议问题：
- 国有企业与事业单位在合作建房时，应签订详细的合作协议，明确双方的权利义务、利益分配等事项。如果合作协议存在瑕疵或争议，可能引发法律纠纷。
- 合规建议：双方应聘请专业律师起草或审查合作协议，确保协议内容合法、明确、无歧义。
产权归属问题：
- 合作建房完成后，房屋的产权归属应明确约定。如果产权归属不清或存在争议，将可能影响房屋的合法使用和处置。
- 合规建议：在合作协议中明确约定房屋的产权归属，并在房屋建成后依法办理产权登记手续。
三、实际操作中的注意事项
加强沟通协调：
- 国有企业与事业单位在合作建房过程中，应加强沟通协调，确保双方对合作事项、建设进度、资金使用等方面达成共识。
遵守相关法律法规：
- 双方应严格遵守国家土地管理、城乡规划、房地产管理等相关法律法规，确保合作建房行为合法合规。
及时咨询专业律师：
- 在合作建房过程中，如果遇到法律问题或争议，双方应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律意见和帮助。
总结来说，国有企业与事业单位合作建房的合法性取决于多种因素，包括土地使用权、规划审批、合作协议以及产权归属等。在合作过程中，双方应严格遵守相关法律法规，加强沟通协调，及时咨询专业律师，以确保合作建房行为的合法合规性。如果你有具体的合作建房项目或相关法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议。