综合工时的计算依据需结合具体情形判断，通常以审批文件载明的时间为准，但需注意与实际执行情况的衔接。具体分析如下：

1. 以审批文件载明的周期为准
   根据《劳动部关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第四条，企业申请综合工时制需经劳动保障行政部门批准，审批文件中会明确综合计算周期（如周、月、季、年）。工时计算应以审批文件载明的周期为基准，而非员工签字或公司单方文件的时间。例如，若审批文件规定以“季度”为周期，则该季度内总工时不得超过法定标准（500小时/季），超出部分需支付加班费。

2. 实际执行与审批文件的衔接问题

   • 若公司文件（如规章制度、劳动合同）中载明的综合工时周期与审批文件一致，且员工签字确认，则以审批文件为准，公司文件仅作为执行依据。
     
   • 若公司文件与审批文件冲突（如审批文件规定“月”周期，但公司文件要求“周”周期），则以审批文件为准，公司文件因违反强制性规定而无效。
     
   • 若审批文件未明确周期起止时间，但公司文件中规定了具体执行时间（如“从某年某月某日起实施”），且员工签字确认，此时需结合审批文件意图和实际执行情况判断。若公司文件未损害员工权益（如未缩短周期导致工时超标），可能被认定为有效；若损害权益（如擅自缩短周期增加工时），则员工可主张按法定标准计算加班费。

3. 员工签字文件的效力边界
   员工签字仅表示知晓或同意公司文件内容，但签字行为本身不改变综合工时制的法定计算规则。若公司文件未经过劳动保障行政部门审批，或审批已过期，即使员工签字，该文件也不具有合法性，工时计算仍需回归法定标准。

建议：

• 员工可要求公司出示劳动保障行政部门的审批文件，核对周期、岗位等信息是否与实际执行一致；
  
• 若发现公司文件与审批文件冲突，或实际工时超出法定标准，可收集考勤记录、工资条等证据，通过劳动仲裁主张加班费；
  
• 公司应确保综合工时制的审批、文件制定和执行环节合法合规，避免因程序瑕疵引发纠纷。
  

如有具体案例或证据材料，可进一步向我说明，我会结合细节提供更精准的分析。