结论：若双方已在合同中明确约定通过甲方所在地有管辖权的仲裁委解决纠纷，那么在发生争议时，应按照该约定向甲方所在地的仲裁委申请仲裁。以下是对此问题的详细分析：

一、仲裁协议的效力

1. 仲裁协议的独立性：仲裁协议是双方当事人自愿将争议提交仲裁解决的书面协议，它独立于合同的其他条款。即使合同的其他部分无效或被撤销，仲裁协议仍然有效，除非双方另有约定或法律另有规定。

2. 仲裁协议的约束力：一旦双方签订了有效的仲裁协议，就排除了法院对争议的管辖权。这意味着，在发生争议时，双方必须按照仲裁协议的约定向仲裁委申请仲裁，而不能直接向法院起诉。

二、仲裁委的选择与管辖

1. 仲裁委的选择：根据你提供的合同内容，双方已经明确约定了通过甲方所在地有管辖权的仲裁委解决纠纷。这意味着，在发生争议时，应向甲方所在地的仲裁委申请仲裁。

2. 仲裁委的管辖权：仲裁委的管辖权来源于双方当事人的仲裁协议。只要仲裁协议有效，且争议属于仲裁协议约定的范围，仲裁委就有权对争议进行仲裁。

三、仲裁流程与注意事项

1. 仲裁申请：在发生争议后，一方应向甲方所在地的仲裁委提交仲裁申请书，并附上相关证据材料。仲裁委在收到申请后，会进行审查并决定是否受理。

2. 仲裁庭的组成：仲裁庭通常由一名或三名仲裁员组成。双方当事人可以协商选择仲裁员，也可以委托仲裁委主任指定。仲裁庭负责审理案件并作出裁决。

3. 仲裁裁决的效力：仲裁裁决是终局的，对双方当事人具有约束力。一旦裁决作出，双方必须履行。如果一方不履行裁决，另一方可以向法院申请强制执行。

4. 注意事项：

   • 确保仲裁协议的有效性：在签订合同时，应确保仲裁协议的内容明确、具体，且符合法律规定的要件。
   • 及时申请仲裁：在发生争议后，应及时向仲裁委申请仲裁，以免超过仲裁时效。
   • 准备充分的证据：在仲裁过程中，应准备充分的证据来支持自己的主张，以便仲裁庭能够作出公正的裁决。

四、特殊情况的处理

1. 如果甲方所在地有多个仲裁委：在这种情况下，双方应在合同中明确指定具体的仲裁委，或者通过补充协议来明确。如果无法明确，则可能需要根据相关法律规定或仲裁委的受理规则来确定。

2. 如果仲裁协议存在瑕疵：例如，仲裁协议的内容不明确、不具体，或者存在其他违反法律规定的情形，那么仲裁协议可能无效。在这种情况下，双方可以协商重新签订仲裁协议，或者选择向法院起诉。

建议：在签订合同时，应仔细审查仲裁协议的内容，确保其明确、具体且符合法律规定。在发生争议后，应及时向甲方所在地的仲裁委申请仲裁，并准备充分的证据来支持自己的主张。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。