针对您提出的“合同有仲裁条款又有管辖权怎么办”的问题，这是一个涉及合同仲裁条款与法院管辖权冲突的法律问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、核心结论
在合同中订有仲裁条款的情况下，如果一方起诉时未声明有仲裁协议，且另一方应诉并未在首次开庭前提出异议，那么人民法院将有权管辖该案件。
二、详细分析
仲裁条款的法律效力：
- 仲裁条款是双方当事人在合同中明确约定的，将可能发生的争议提交给某一仲裁机构进行仲裁的协议。其核心作用在于排除法院对该争议的管辖权，赋予仲裁机构对特定纠纷的裁决权。
法律规定与解释：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第二十六条，如果当事人达成仲裁协议，但一方向人民法院起诉时未声明有仲裁协议，且人民法院受理后，另一方在首次开庭前未对人民法院受理该案提出异议，那么视为放弃仲裁协议，人民法院应当继续审理。
- 最高人民法院“关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》若干问题的意见”第148条也进一步强调了这一点，即当事人一方向人民法院起诉时未声明有仲裁协议，人民法院受理后，对方当事人又应诉答辩的，视为该人民法院有管辖权。
视为放弃仲裁协议的情形：
- 起诉方未声明有仲裁协议：这是触发放弃仲裁协议的前提条件之一。
- 另一方应诉且未在首次开庭前提出异议：另一方在知道或应当知道对方起诉且法院已经受理的情况下，选择应诉并参与到诉讼程序中，且在首次开庭前没有对人民法院受理该案提出异议。这种行为被法律视为放弃了原本依据仲裁条款所享有的通过仲裁解决争议的权利。
人民法院继续审理的依据：
- 一旦另一方的行为被视为放弃仲裁协议，仲裁条款对双方当事人的约束力就被解除。
- 人民法院基于其对案件的受理以及另一方当事人的默示行为（即应诉未提异议），获得了对该案件的管辖权，并应当继续对案件进行审理并作出裁判。
三、实际操作建议
- 了解仲裁条款的法律效力：在签订合同时，双方应充分了解仲裁条款的法律效力及其可能带来的后果。
- 明确起诉时的声明义务：如果一方打算通过诉讼解决争议，且合同中订有仲裁条款，那么该方在起诉时应明确声明有仲裁协议，以避免不必要的法律纠纷。
- 及时提出异议：如果另一方在收到起诉状后发现合同中订有仲裁条款，且不希望通过诉讼解决争议，那么应在首次开庭前及时向人民法院提出异议，以维护自己的仲裁权利。
四、总结
综上所述，当合同中订有仲裁条款但一方起诉时未声明且另一方应诉未提异议时，人民法院将有权管辖该案件。这一结论是基于相关法律规定的明确指引以及当事人行为的法律后果所得出的。因此，在实际操作中，当事人应充分了解仲裁条款的法律效力及其可能影响，并在必要时寻求专业法律意见以避免不必要的法律纠纷。