结论：员工生病累计超过一周，公司扣除当月绩效是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法有效以及是否符合劳动合同的约定。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度合法有效且符合劳动合同约定的情况
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司的规章制度是依法制定，且内容合法、合理，同时已经向劳动者进行了公示或告知，那么该规章制度对劳动者具有约束力。
规章制度与劳动合同一致性：
- 如果公司的规章制度中明确规定了员工生病超过一定天数将扣除当月绩效，且这一规定与劳动合同中的约定不冲突，那么公司按照规章制度执行扣除绩效是合法的。
具体操作：
- 在这种情况下，员工生病累计超过一周，公司按照规章制度扣除当月绩效，是合法的行为。但公司应确保扣除的绩效部分与员工的实际工作表现、贡献等相匹配，避免过度扣除或不合理扣除。
二、公司规章制度不合法或不符合劳动合同约定的情况
规章制度不合法：
- 如果公司的规章制度未经职工代表大会或者全体职工讨论，未与工会或者职工代表平等协商确定，或者内容违法、不合理，那么该规章制度对劳动者不具有约束力。
- 在这种情况下，公司依据不合法的规章制度扣除员工当月绩效，是违法的行为。
规章制度与劳动合同冲突：
- 如果公司的规章制度与劳动合同中的约定存在冲突，根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
- 如果公司未经与员工协商一致，就单方面依据规章制度扣除绩效，且这一扣除与劳动合同中的约定相悖，那么公司的行为是违法的。
具体操作与后果：
- 在这种情况下，员工有权要求公司补发被扣除的绩效，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
三、特殊情况考虑
- 医疗期规定：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，公司不得随意解除劳动合同，且应按照规定支付病假工资或疾病救济费。
- 如果员工生病累计超过一周但仍在医疗期内，公司扣除当月绩效可能违反医疗期规定，员工有权提出异议并维护自己的权益。
建议：
- 对于员工而言，如果认为公司扣除绩效的行为不合法或不合理，可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除绩效的依据和理由。如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司而言，应确保规章制度的合法性和合理性，并在制定或修改规章制度时充分征求员工的意见和建议。同时，在执行规章制度时，应确保公平、公正、公开，避免侵犯员工的合法权益。
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