结论是：公司扣病假期间工资是否合法，需视具体情况而定，主要取决于病假工资的支付标准以及公司规章制度是否合法且合理。以下从不同角度为您详细分析：

一、病假工资支付标准

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及各地相关实施细则，职工在病假期间，用人单位应当按照一定比例支付病假工资或疾病救济费。具体比例可能因地区而异，但通常不会低于当地最低工资标准的80%。例如，在某些地区，病假工资可能按照职工本人工资的一定比例（如70%或80%）支付，且该比例不得低于当地最低工资标准的80%。

1. 若公司扣除的工资后，您实际收到的病假工资不低于上述标准，则公司的做法可能是合法的。
2. 若公司扣除的工资后，您实际收到的病假工资低于上述标准，则公司的做法可能不合法，您有权要求公司补足差额。

二、公司规章制度

除了上述法定标准外，公司内部规章制度也可能对病假工资的支付做出具体规定。然而，这些规章制度必须符合法律法规的要求，且不得侵犯职工的合法权益。

1. 若公司规章制度中明确规定了病假工资的支付标准，且该标准不低于法定标准，则公司按照规章制度执行是合法的。
2. 若公司规章制度中规定的病假工资支付标准低于法定标准，或者规章制度本身存在违法情形（如未经民主程序制定、未公示等），则该规章制度对职工不具有约束力，公司不得依据其扣除病假工资。

三、实际操作建议

1. 查看公司规章制度：首先，您可以查看公司的规章制度，了解其中关于病假工资支付的具体规定。
2. 核对法定标准：其次，您可以核对当地关于病假工资支付的法定标准，确保公司支付给您的病假工资不低于该标准。
3. 与公司沟通：如果您发现公司扣除的病假工资低于法定标准或规章制度存在违法情形，您可以与公司进行沟通，要求公司补足差额或修改规章制度。
4. 寻求法律援助：如果公司拒绝补足差额或修改规章制度，您可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

四、可能面临的法律后果

如果公司违法扣除病假工资，您有权要求公司补足差额，并可能获得相应的经济补偿。同时，劳动监察部门也可能对公司进行处罚，要求其改正违法行为并支付罚款。

最后，建议您在处理此类问题时保留好相关证据（如工资条、病假证明、公司规章制度等），以便在需要时维护自己的合法权益。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。