员工休病假期间已扣除绩效，公司还要进行绩效考核是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法情形
公司有明确规定且合理合法：
- 若公司的绩效考核制度中明确规定，病假期间绩效会相应扣除，且该制度经过民主程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定），并向员工进行了公示或告知，那么在这种情况下，公司扣除病假员工绩效可能是合法的。因为绩效考核制度是公司管理的一种方式，旨在激励员工并衡量其工作表现。但需注意，扣除的比例和方式需合理，不能违背公平、公正的原则。
员工行为符合扣除规定：
- 如果员工在病假期间确实存在未履行工作职责、违反公司规定等行为，且公司绩效考核制度中明确规定了此类行为应扣除绩效，那么公司扣除绩效也是合法的。但公司需提供充分证据证明员工存在此类行为。
二、不合法情形
公司无明确规定或规定不合理：
- 如果公司没有明确的相关规定，或者规定不合理（如扣除比例过高、扣除方式不公平等），随意扣除病假员工绩效则可能不合法。员工因患病需要休病假，这是其依法享有的权利，公司不能因此而不合理地降低其收入。
扣除绩效违反法律法规：
- 根据相关法律规定，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内，由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的一定比例（如80%）。如果公司扣除绩效后，员工的实际收入低于这一标准，则可能违反法律法规。
三、法律建议
与公司协商：
- 如果员工认为公司扣除绩效不合理，可首先与公司协商解决。协商时，员工可要求公司提供扣除绩效的依据和计算方式，并表达自己的诉求和理由。
通过劳动仲裁等合法途径维护权益：
- 如果协商不成，员工可通过劳动仲裁等合法途径维护自身权益。在申请劳动仲裁时，员工需提供相关证据（如劳动合同、工资单、绩效考核制度、病假证明等），以证明公司扣除绩效的行为不合法。
四、可能后果
- 如果公司扣除绩效的行为被认定为不合法，公司可能需要补发员工的绩效工资，并可能面临劳动行政部门的处罚。同时，公司的声誉和员工关系也可能受到负面影响。
总结来看，员工休病假期间已扣除绩效，公司还要进行绩效考核是否合法，需根据公司的绩效考核制度、员工的行为以及相关法律法规进行综合判断。如果您对此有疑问或认为公司扣除绩效的行为不合法，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。