结论：合同上约定基本工资5000元，但按当地最低工资标准计算加班费，这种做法通常是不合法的。
分析：
加班费的计算依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费是基于劳动者正常工作时间工资的一定比例来计算的。这里的“正常工作时间工资”通常指的是劳动者在正常工作时间内所获得的报酬，也就是基本工资。
- 如果合同中明确约定了基本工资为5000元，那么加班费的计算应当以此为基础，而不是以当地最低工资标准。
合同约定与法律规定的关系：
- 合同是双方自愿达成的协议，但合同内容不得违反法律法规的强制性规定。如果合同中关于加班费的计算方式违反了劳动法的相关规定，那么该条款是无效的。
- 在这种情况下，即使合同中有相关约定，劳动者也有权要求按照法律规定来计算加班费。
实际操作中的建议：
- 如果劳动者发现自己的加班费是按照当地最低工资标准计算的，而合同中约定的基本工资高于这个标准，那么劳动者可以与用人单位进行协商，要求按照合同约定的基本工资来计算加班费。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果用人单位坚持按照当地最低工资标准计算加班费，而拒绝按照合同约定的基本工资来计算，那么用人单位可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 同时，劳动者也有权要求用人单位补发按照合同约定应得的加班费差额，并可能要求用人单位支付相应的经济补偿或赔偿金。
进一步思考：
- 劳动者在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于工资、加班费等关键条款，确保自己的合法权益得到保障。
- 如果对合同条款有疑问或不确定的地方，劳动者可以咨询专业的法律人士或劳动监察部门，以获取更准确的法律意见和帮助。
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