结论：总公司提供分公司收款并给总公司开票，在一定条件下是合法的，但具体操作必须严格遵循相关法律法规及税务规定，确保业务的真实性、发票的合规性以及税务处理的正确性。
一、合法性前提
公司法规定：
- 分公司作为总公司的分支机构，若已依法设立并领取营业执照，则在总公司授权范围内可从事经营活动，包括收款和开票。但需注意，分公司不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。
税法规定：
- 税收管理中要求发票的开具与实际的交易活动、款项支付等保持一致（即“三流合一”）。这意味着，分公司收款并给总公司开票，必须基于真实的业务交易，且款项支付与发票开具应相互匹配。
二、具体操作要点
关于收款：
- 总公司应书面委托分公司代为收取款项，并明确委托收款的范围、期限等关键事项。这有助于确保分公司收款行为的合法性和合规性。
- 分公司在收款时，应确保款项最终归属总公司，且收款行为在总公司授权范围内进行。同时，分公司应妥善保管收款凭证，以备税务机关查验。
关于开票：
- 增值税发票：若分公司与总公司位于同一县（市）且统一核算，分公司可以总公司名义开具发票。若分公司与总公司不在同一县（市），则分公司代总公司收款开票需符合相关增值税规定，双方应分别向各自所在地主管税务机关申报纳税。
- 发票内容：分公司开票需有真实的业务基础，并确保发票内容与实际业务相符。发票上应明确标注总公司的名称、税号等信息，以体现发票的真实性和合法性。
三、风险及注意事项
税务风险：
- 必须确保符合税务规定，避免被税务机关认定为虚开发票。虚开发票是严重的违法行为，将面临高额罚款甚至刑事责任。
- 应保留好相关业务合同、资金往来凭证、货物运输单据等资料，以证明业务的真实性。这些资料是税务机关查验的重要依据，务必妥善保管。
- 如违反税务规定，可能面临税务行政处罚，情节严重的还可能涉及刑事犯罪。因此，务必严格遵守税务规定，确保税务处理的合规性。
法律文件完备性：
- 总公司与分公司之间的委托协议等法律文件应完备，明确双方权利义务。这有助于在发生纠纷时，明确双方的责任和义务，保护各自的合法权益。
- 在涉及第三方（如客户）时，应提供委托收款开票的相关证明文件，避免引起误解或不必要的法律纠纷。例如，可以向客户提供总公司与分公司之间的委托协议复印件等文件，以证明分公司收款并开票的合法性。
四、特殊情况下的处理
- 对于建筑企业等特殊行业，税法可能有特别规定。例如，总公司可以与发包方签订建筑合同，并通过内部授权或三方协议的方式，授权分公司为发包方提供建筑服务并收款开票。这体现了税法对特殊行业的特殊考虑和灵活性。但即使如此，也必须确保业务的真实性和发票的合规性。
五、建议
- 为确保合规性，建议企业在实施前咨询专业的法律或税务顾问（即向我咨询），对具体的业务模式、合同条款等进行详细的审查和评估。这有助于发现潜在的法律风险和税务问题，并及时进行整改和规避。
- 企业应建立健全的内部管理制度，确保收款和开票行为的真实性和合规性。例如，可以建立专门的财务和税务管理部门或岗位，负责收款和开票的审核和管理工作；可以制定详细的收款和开票流程和规范，确保每一步操作都符合法律法规和税务规定的要求。
总之，总公司提供分公司收款并给总公司开票在一定条件下是合法的，但具体实施时需综合考虑公司法、税法等多个方面的规定和要求。如有任何疑问或不确定之处，请直接向我咨询。